兩種途徑在商標註冊申請審查方面並無差別。其主要區別是發生聯系的方式不同、提交的書件和文件遞交方式稍有差別。在發生聯系的方式方面，直接到商標局辦理的，在辦理過程中申請人與商標局直接發生聯系;委托商標代理機構辦理的，在辦理過程中申請人通過商標代理機構與商標局發生聯系，而不直接與商標局發生聯系。在提交的書件方面，直接到商標局辦理的，申請人除應提交的其他書件外，應提交經辦人本人的身份證復印件;委托商標代理機構辦理的，申請人除應提交的其他書件外，應提交委托商標代理機構辦理商標註冊事宜的代理委托書。在文件遞交方式方面，申請人自行辦理的，由申請人或經辦人直接將申請文件遞交到商標註冊大廳受理窗口;商標代理機構可以將申請文件直接遞交、郵寄遞交或通過快遞企業遞交商標局，也可以通過網上申請系統提交商標註冊申請。在文件送達方式方面，申請人自行辦理的，商標局的各種文件是送達當事人;委托商標代理機構辦理的，文件送達商標代理機構。
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