古代玄武湖的面積比現在大，所以經常作為水軍的訓練場所。但到了六朝，玄武湖被定為皇家園林，不再作為訓練場。其中，劉宋建立後，玄武湖因政權建都南京而備受重視。中華人民共和國成立初期，劉崧也疏浚了玄武湖。現在，玄武湖的涼州、周桓和瀛州三個中心島嶼是由疏浚時挖出的湖泥堆積而成的。之後的南朝齊、梁、陳都以南京為都城，所以玄武湖壹直作為皇家園林存在。
但是到了隋唐時期，因為南京不再是都城，玄武湖的地位也下降了，壹度被視為？釋放池？。玄武湖是因為北宋的朝廷嗎？棄湖還田？這個政策的頒布被埋沒了，然後消失了200多年。後來直到元代，玄武湖才前後疏浚了兩次。重現人間？。元朝被明朝取代後，以南京為首都的明朝又開始關註玄武湖。
玄武湖在朱元璋的命令下被選為存放黃書的地方，所以明朝廷也在這裏建立了後湖黃書館。因為存放的黃書是非常重要的資料，玄武湖成了禁地。玄武湖是這樣的？關門了？歷時200余年，直到清末修建馮潤門，玄武湖才開始轉型為大眾公園。