“黃運”牌甲魚被中國綠色食品發展中心認定為中國水產品第壹個A級綠色食品、被國家質檢總局批準實施國家地理標誌產品保護、“山東省綠色食品十大品牌”、山東省名牌農產品“山東省著名商標”。基地承擔的《優質中華鱉良種繁育及綠色養殖高技術產業化項目》被列入國家級高技術產業化示範工程項目，《黃河品系中華鱉水產良種示範項目》被列入現代農業示範項目，《甲魚苗種繁育及養殖高產技術開發》被列入國家級星火計劃項目。基地研究開發的《大規格中華鱉種培育技術研究》獲山東省“科學技術進步獎”二等獎，《甲魚膠的研究與開發》獲山東省“科學技術進步獎”三等獎，《優質中華鱉良種繁育技術研究及產業化養殖》通過山東省科技成果鑒定，其中制定的425—1—30中華鱉良種繁育技術工藝結論為“國內首創”，《甲魚規模化養殖深加工研究與產業化》項目獲北京市“科學技術進步獎”二等獎，《優質中華鱉良種繁育技術研究及產業化養殖》獲“山東省科學技術進步獎”二等獎。
丁馬甲魚生態養殖科普示範基地先後榮獲“山東省漁業標準化基地”、“山東省中華鱉原種場”、“山東省水產健康養殖示範區”、“國家級綠色農業示範基地”、“國家級中華鱉原種場”、“國家級水產健康養殖示範區”、“全省優秀科普示範基地”等榮譽稱號。2008年，被中國科協、財政部評為“全國優秀科普示範基地”。