自從魔斯拉、翼龍拉頓、三首惡龍基多拉和莫斯拉的戰爭之後，帝國組織就已經在骷髏島建立了觀察區，大部分資料也對外開放；這個時候，金剛已經長大了。新技術公司APEX用材料嘗試了壹個大膽的日常任務來解決Mosla，但是這個日常任務的風險是和危機相適應的。
眾所周知，摩斯拉通過磁力感應到了APEX的機械設備這個遠古巨獸，並逐漸向人發起了攻擊。APEX看到了用金剛尋找內心世界以獲得更多電能的決定。
壹心只想回到真園的金剛和他的守護者們，踏上了艱難的旅程。
和他們壹起的，還有壹個年輕的孤女——姬雅，她和金剛有著獨特而強烈的親密關系。
但沒想到的是，他們與狂怒的摩斯拉在前進的河流上狹路相逢，隱藏在地核深處的秘密就這樣被解開了。