1.從旗艦店和專賣店的定義來看，主要區別如下:旗艦店:壹個商家帶著自己的品牌進入淘寶商城，開的店叫品牌官方旗艦店。店鋪:企業持有正規的品牌授權，在淘寶商城開設該品牌的店鋪，稱為品牌店。
2.經營主體的區別是:旗艦店:自有品牌企業(品牌必須是申請開店的企業所有或企業法定代表人所有。店鋪:獲得品牌商或公司正式授權的企業法人。
3.經營範圍的區別:旗艦店:同壹品牌同壹壹級品類下的所有產品。專賣店:與授權品牌同品類的所有產品。
4.品牌資質旗艦店的區別:國家商標局出具的商標註冊證或者商標受理通知書，也就是說需要註冊商標。專賣店:品牌商出具的國家商標局商標註冊證，申請開店的企業提供的品牌商出具的正式授權委托書，不受地域限制。