蜂蜜中蛋白質含量在0.29%-1.69%之間，平均值為0.75%。有些花籽的含量高達1%或2%以上，如龍眼蜜、荔枝蜜、紫雲英蜜、黃荊、油菜蜜等。不同地區，由於地理氣候不同，同壹種蜂蜜含有不同的蛋白質。比如福建的龍眼蜜含量是2.597%，廣東是1.698%，海南是0.80%。紫雲英蜜月期，湖北產量為0.801%，湖南含量為0.58%。
蜂蜜中氨基酸的含量不僅數量多，而且種類齊全，有些種類的花蜜高達18。其中，天冬氨酸、谷氨酸和亮氨酸是主要的氨基酸，其次是蘇氨酸、絲氨酸、甘氨酸、丙氨酸、纈氨酸、異亮氨酸和賴氨酸。而且人們需要的必需氨基酸分布廣泛。例如蘇氨酸、纈氨酸、亮氨酸、異亮氨酸和賴氨酸。這進壹步解釋了蜂蜜營養價值高的原因。