1、商標權是民事權益，申請商標與引證商標之間是否存在沖突主要是私權性質的民事糾紛，應當允許當事人自由處分相關權益。如果當事人達成了商標***存協議，應當認定其效力，準予申請商標註冊
2、商標權雖然是私權，但商標的基本功能是區分商品或服務的不同來源，如果認可商標***存協議的效力，會導致易使消費者產生混淆的商標在市場上***存，從而損害消費者的利益。因此，不應當認可商標***存協議的效力。
可以說，這兩種觀點各有道理。我國法律及司法解釋未對商標***存協議的效力做出明確規定，商評委也曾對駁回復審案件中的***存協議問題進行過認真研究，並認為：《商標法》第三十條的立法目的有二：
第壹，保護在先註冊或者初步審定商標，避免商標權利沖突；
第二，保護消費者利益，即防止相同或者近似商標出現在市場上，造成相關消費者混淆。
商標權為私權，申請商標與在先商標之間是否存在沖突主要是私權糾紛，應當由當事人通過法律程序主張，在駁回復審案件中，申請人與引證商標所有人達成***存協議，已經消除了當事人之間的權利沖突。而且，申請人與引證商標所有人簽訂***存協議，表明雙方在實際使用商標時不會相互“搭車”，並且可以推定其具有相互區分的善意。因此，對當事人之間的***存協議完全不予考慮，不盡合理。但是，保護消費者利益是《商標法》第三十條的立法目的之壹，也是我國《商標法》的立法宗旨之壹，故在決定是否允許***存時還應考慮雙方商標整體上是否能夠為消費者區分，***存是否容易造成消費者混淆。
參考資料1：/index.php?id=991