完整的總RNA在進行變性凝膠電泳時會產生清晰的28S和18S rRNA條帶（真核樣品）。28S rRNA條帶的強度應當大致為18S rRNA條帶的兩倍。這種2:1的比率（28S：18S）是判斷RNA完整性的壹個很好的指標。
使用變性凝膠電泳來評估RNA完整性的壹個缺陷是觀察所需的RNA樣品量。通常情況下，需要在變性凝膠中上樣至少200 ng的RNA才能在EtBr染色下進行觀察。而在某些RNA制備實驗中，如從穿刺活檢樣品或激光捕獲顯微切割樣品中提取RNA，得率是非常低的。這種情況下，或許就不可能在進行表達譜分析實驗前取出200ng的RNA來評估其完整性。其它的核酸染料，比如Moleculor Probes (Eugene, OR) 的SYBR? Gold及SYBR Green II RNA染料，相比傳統的瓊脂糖凝膠電泳EtBr染色方法可以顯著提高靈敏度。通過使用300nm的透射光源（6 x 15瓦的燈泡）及特殊的濾光片，SYBR Gold RNA凝膠染色可以檢測到低至1ng的RNA，而SYBR Green II則可以檢測到2ng，從而可以使用更少的樣品來進行RNA完整性分析。
目前有壹種快速簡單的方法可以替代傳統的凝膠分析方法，這種方法可以同時對RNA樣品進行定量及質量評估。Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies)是第壹款商業化的提供RNA樣品狀態細節信息的微流體儀器。當與RNA 6000 LabChip?（Caliper Technologies Corporation所擁有的壹個註冊商標）結合使用時，每次進行分析最低僅需1?l濃度為10 ng/?l 的樣品。除了評估RNA完整性，這臺自動化系統同樣可以提供樣品RNA濃度及純度（如mRNA制備中的rRNA汙染）的評估。在過去，檢測濃度及純度需要使用部分RNA樣品（通過A260分光光度法），而評估完整性則需要另外使用部分樣品。通過使用LabChip?系統，可以僅使用壹份5ng的樣品來同時對濃度、完整性及純度進行分析。分析數據可以顯示為類凝膠圖像、電泳峰圖及表格形式等。