對《商標法》修改決定施行前提出的商標註冊和續展申請，商標局在決定施行後決定不予受理和續展商標申請，當事人提起行政訴訟的，人民法院審查時適用修改後的《商標法》。(《解釋》第五條第壹款)
對《商標法》修改決定實施前提出的商標異議申請，商標局在決定實施後決定不予受理。當事人提起行政訴訟的，人民法院審查時應當適用修改前的商標法。(第五條第2款)
2.不服商標評審委員會商標評審的行政案件。
《商標法》修改決定施行前，當事人對不予核準註冊的商標申請復審，決定施行後，商標評審委員會作出復審決定或者裁定，當事人提起行政訴訟的，人民法院審查時應當適用修改後的《商標法》。(《解釋》第六條第壹款)
《商標法》修改決定實施前受理的商標復審申請，商標評審委員會應當作出準予註冊的決定，當事人提起行政訴訟的，人民法院不予受理；商標評審委員會在決定實施後作出不予註冊的決定，當事人提起行政訴訟的，人民法院審查相關訴訟權利和主體資格時，適用修改前的商標法。(《解釋》第六條第二款)
對《商標法》修改決定施行前已經核準註冊的商標，由商標評審委員會在決定施行前受理，在決定施行後作出復審決定或者裁定。當事人提起行政訴訟的，人民法院對相關程序問題的審查適用修改後的商標法，對實體問題的審查適用修改後的商標法。(《解釋》第七條)
3.商標行政訴訟案件期限的計算
商標局、商標評審委員會對《商標法》修改決定施行前受理的有關商標案件作出決定或者裁定，當事人提起行政訴訟的，人民法院在認定該決定或者裁定是否符合《商標法》有關審查期限規定時，審查期限自修改決定施行之日起計算。(《解釋》第八條)