問題壹：過度開發導致中藥資源瀕危且不說已經列入《瀕危野生動植物種國際貿易公約》（CITES）的熊膽、虎骨、犀牛角等動物類中藥，就草藥而言，中國的中草藥資源也已經不容樂觀。內蒙古曾經是世界重要的甘草產地，過去內蒙古甘草隨處可見，如今有2/3的地方甘草已經絕跡，剩下的1/3也是量少質差。造成這壹現象的原因是多方面的，由於過度采挖，以及放牧、大面積砍伐森林、城市化加速等原因，中國中草藥資源正在大幅度減少。
中國出口中藥多為原藥材，價格低廉、附加值低，成藥比例不足30%，而占世界中草藥市場分額90%的日本和韓國，其所用的中藥原材料80%都是從中國進口的。國外企業不僅對中國中藥材進行大批量收購，還大肆掠奪中國中草藥的基因資源，連帶影響中草藥的知識產權保護。此外，許多外商利用各種民間交流、商務考察甚至旅遊的機會，加緊搜羅我國民間的中藥秘方和偏方。
中藥資源的保護已經到了迫在眉睫的地步，否則，等到中藥終於可以走向世界之時，已經沒有“中藥”可以“走向世界”了。建議將中草藥資源的保護納入中國的可持續發展戰略，強化全民中草藥保護意識，嚴禁亂采濫挖、毀林開荒、過度放牧等破壞中草藥資源的行為。
問題二：低水平重復建設導致惡性循環
中國作為市場競爭主體的中藥企業，多數是近十年來發展起來的，資產規模偏小，創新能力較差，雖然近年來中藥的生產工藝有壹定提高，但離現代化醫藥工業優質、標準的生產要求還有很大差距，尚未從根本上擺脫“作坊式”的生產局面，缺乏統壹、嚴格的標準規範。很多中藥生產企業都存在低水平重復建設的問題，同壹種中成藥有數家企業生產。低水平重復建設下，產品市場競爭愈發激烈，廠家除了打價格戰之外別無他法，而價格過低又產生沒有充足資金投入新品研發的問題，不得不繼續低水平重復建設，從而導致惡性循環。多年來的實踐證明，創新是制藥企業的立足之道。中醫藥要現代化、要走向世界，必須要有中藥創新體系主力軍作用，包括組織機構、人才和技術支撐。在競爭日益激烈的醫藥市場，沒有創新就沒有自主知識產權，也就沒有市場。隨著西藥新藥研發之路越來越艱難，國際制藥巨頭紛紛把目光投向了中醫藥，陸續在中國建立了研發中心，世界各國對中醫藥投入的專項研究經費也越來越多。相比較而言，中國中藥企業在新藥研發上的投入無異於杯水車薪。
問題三：專利與知識產權保護意識薄弱
江蘇道地中藥材薄荷，目前已有8項專利落在美國人手裏。據悉，薄荷的中國專利***申報有16件，國內申報有8件，國外申報為8件。盡管在專利數量上中外平分秋色，但外國公司的技術專利主要用於口香糖等高利潤市場，其中美國箭牌糖類公司獨攬4項專利，而我國的專利只是薄荷藕、薄荷茶水等，市場空間極為有限。
中藥知識產權問題涉及的範圍很廣，除了上述列舉的專利問題之外，還包括商標、商業秘密、行政保護等諸多方面。對於藥品來說，商標的保護十分重要。藥品商標不僅是商品和企業的象征，還可以作為藥品是否合法經營的依據。藥品的註冊商標對於企業創名牌、提高市場競爭力有著重要意義，例如同仁堂、達仁堂等知名商標，在消費者與同行中都有良好的聲譽。但我國許多中藥企業不註重中藥商標的註冊，品牌流失嚴重，商標權與企業名稱權沖突、藥品通用名稱與商標混淆等問題普遍存在。
除了上述問題外，中西醫文化差距，比如：中醫的“陰虛”等術語無法為西方社會所理解；中藥使用不當引起的誤解，比如：關木通等中藥使用不當引起的“中藥腎病”令許多國外輿論對中藥存有偏見等，均說明中醫藥走向世界仍面臨著種種內憂外患。中醫藥走向世界是壹個漫長的過程，但相信在我們***同的努力下，終有壹天中醫藥將為全世界人民的健康作貢獻。