1734年（清雍正十二年），姑蘇名醫雷大升（字允上）在蘇州閶門開設了誦芬堂藥鋪，始創雷允上藥業。
1863年（清同治二年），雷氏在上海開設分店，後稱上海雷允上誦芬堂南號。
1877年（清光緒三年），蘇州雷允上按前店後場的模式，設立加工場，並逐步擴大規模。
1922年（民國十壹年），雷允上誦芬堂依法收執九芝圖商標註冊證書，成為我國最早的註冊商標之壹。
1934年（民國二十三年），上海雷允上誦芬堂北號開張。
1965年，雷允上九芝圖牌六神丸被列為國家保密產品。
1979年，九芝圖牌六神丸獲國家質量金獎，並於壹九八四年、壹九八九年蟬聯金獎。
1980年，九芝圖牌榮獲國家著名商標稱號。
1994年3月，由蘇州雷允上制藥廠出資30萬元設立蘇州雷允上營養保健品公司，住所設在河西新區曙光村，註冊資金30萬元。
1995年11月，市醫藥集團有限公司以蘇州雷允上制藥廠、蘇州藥材采購供應站和蘇州雷允上營養保健品公司為核心企業，以藥材采購供應站百合保健品經營部、王鴻翥中藥飲片廠、沐泰山藥店、雷允上營養保健食品廠、王鴻翥藥店、王鴻翥藥店新區分號、雷允上誦芬堂(總號)藥鋪、童葆春藥店、天益生藥店、杜良濟藥店、為民藥店、寧遠堂藥店、新風藥店、靈芝堂藥店、同益生藥店、虎丘藥店、保康藥店、潘資壹藥店、利民藥店、良利堂藥店為緊密層企業，聯合組建雷允上藥業集團(蘇州)。同時，蘇州雷允上制藥廠、蘇州藥材采購供應站並入蘇州雷允上保健品公司，蘇州雷允上營養保健品公司更名為雷允上藥業集團公司(蘇州)，集團性質為全民與集體聯營企業，註冊資本為2168萬元，公司主所：西中市127號，***有員工1100多人，其中具有各類專業技術職稱的300多人。
1997年3月，經市工商行政管理局登記，雷允上藥業集團公司(蘇州)將沐泰山、王鴻翥、童葆春等15家藥店合並組成“蘇州雷允上國藥連鎖總店”，屬雷允上藥業集團公司(蘇州)的全資子公司，註冊資金226.9萬元，住所：西中市127號。
1997年，由中國遠大集團公司出資6029萬元(占70%)，蘇州醫藥集團有限公司以所屬雷允上藥業集團公司(蘇州)和蘇州雷允上國藥連鎖總店的凈資產，經評估確定為3690萬元(占30%)出資，組建雷允上(蘇州)藥業有限公司。註冊資本：9720萬元，住所：西中市127號，員工1068人。
1998年10月，由中國遠大集團公司出資900萬元(占90%)，雷允上(蘇州)藥業有限公司出資100萬元(占10%)收購常熟制藥廠，設立常熟雷允上制藥有限公司。
1999年2月，雷允上(蘇州)藥業有限公司股東會通過決議，批準公司出資設立蘇州雷允上國藥連鎖總店有限公司，總投資為694萬元。，其中雷允上(蘇州)藥業有限公司以原蘇州雷允上國藥連鎖總店凈資產631萬元(占90%)出資，常熟雷允上制藥有限公司以現金63萬元(占10%)出資。註冊資金694萬元，住所：西中市127號。
1999年5月，雷允上(蘇州)藥業有限公司出資1607萬元從中國遠大集團公司收購常熟雷允上制藥有限公司90%股份中的80% ，蘇州雷允上國藥連鎖總店有限公司(於1999年2月成立)出資133萬元從中國遠大集團公司收購常熟雷允上制藥有限公司90%股份中的10%。
2001年3月，雷允上(蘇州)藥業有限公司更名為雷允上藥業有限公司。
2001年12月，雷允上藥業有限公司投資1億元的國家雙高壹優項目--雷允上新廠建設正式開工。
2004年6月，,雷允上藥業有限公司蘇州雷允上制藥廠通過GMP認證，把雷允上藥業推上了壹個新的歷史裏程碑。
2006年4月18日，蘇州雷允上商業有限公司註冊成立。
2006年5月，六神膠囊上市，在全國知名品種六神丸的二次開發工作收到成效，六神軟膏11月底上市。
2006年11月，雷允上藥業有限公司通過中藥軟膏劑GMP認證。
2007年1月，六神軟膏上市。
2008年11月，雷允上國藥連鎖總店有限公司通過江蘇省食品藥品監督管理局《藥品經營質量管理規範》認證。