關於遊戲設定：
1、遊戲畫面和音樂效果與前作相比有質的飛躍。
2、地圖是全部重新制作的，與前作沒有任何相同之處。
3、迷宮與前作相比簡單了很多，尤其是鎖妖塔，幾乎就算不上是迷宮。
4、人物屬性的參數有修改，如靈力、防禦力等等，所用的換算公式與前作不同，但效果大致相同。BOSS和小妖的HP、經驗值、金錢和可偷取的東西有修改。
5、人物的招式略有改動：逍遙多了壹招“逍遙神劍”，月如多了壹招“萬裏狂沙”，逍遙的學招順序有改動，“天師符法”是在“萬劍決”之後練出來的。
6、練級比較容易，在迷宮中只要有畫面切換，或是存檔後再讀檔，妖怪就全部恢復了。
7、錢比前作的多。在壹路上經常可以撿到幾千文、上萬文。有的妖怪也是大款，可偷上千文錢。壹路上可撿的東西也比前作要多。
8、飛龍探雲手有變化。偷某個妖怪身上的東西時，要麽壹次成功，要麽永不成功。如果妖怪身上是錢，只能偷壹次。如果妖怪身上是錢，有可能偷不到，如果是物品，壹般都能偷到。
9、關於靈葫咒的變化。只要妖怪的血低於四分之壹，使用靈葫咒壹定成功。
10、多數BOSS和部分小妖怪會使用氣療術、凝神歸元等加血的法術。
11、與小妖怪戰鬥時，小妖怪有時會逃跑。
12、遊戲中多了壹個煉蠱系統，可以將兩個藥品煉化成壹個藥品。非常好用。詳見配方。
13、用紫金葫蘆煉出來的最好的東西不是靈葫仙丹，而是蟲卵，但是這種蟲卵是非常好的東西，用它作煉蠱材料，不論和什麽壹起煉，都會煉出金蠶王。
14、毒龍膽不能用來解普通的毒，只能能用解七大毒蠱的毒。亂吃會死人的。
15、遊戲中多了幾種裝備。如純陽劍、靈心珠等等。
16、魅影神靴是阿奴穿的鞋，而且阿奴只能穿這雙鞋。靈兒從鎖妖塔出來後，壹直躺在聖姑家，而她身上的裝備也全部退回到物品欄裏（這點也與老仙劍不同），所以在去接靈兒回隊伍之前，要先為她準備壹雙好鞋子。等靈兒歸隊後就沒機會再買裝備了。
17、老仙劍裏，三個人的最終裝備都是在後期的迷宮裏撿到的，但是在新仙劍裏，李逍遙的沖天冠和阿奴的鳳紋披風都只能在大理城裏買。
關於劇情：
1、遊戲開始時多了羅剎洞的內容，但與羅剎鬼婆壹戰必敗，而且在夢境中的羅剎洞中所練的級與之後的遊戲無關。
2、對白經常會比前作多出幾句。
3、阿奴在余杭鎮時就出場了，在鬼陰壇與與石長老壹戰過後又出場了，雖然都只是客串。
4、在蘇州，有個叫小豆子的小孩，如果妳給他吃5個糯米糕、5個糖葫蘆和5個茶葉蛋，他就會吐出壹個食妖蟲。
5、出隱龍窟後，有壹只小狐貍咬了李逍遙壹口（就是二代中的蘇媚）。
6、壹進白河村時，就可以去找漁夫借釣竿，否則釣竿會被小孩拿走放到村子某處的籬笆上放著，妳就得去那裏找。
7、韓醫仙要妳去找藥時，首先是月如只身走過隱龍窟，回到家裏去拿藥，再由李逍遙去釣魚、捕鹿、摘果子。
8、土靈珠不能用來離開洞穴，打敗赤鬼王後，除得到土靈珠外，還會得到壹個引路蜂，用於離開血池。然後妳要自己從亂葬崗走回來。
9、打石長老時，只要妳不殺旁邊兩個小卒，石長老不會發威。
10、揚州城裏沒有青鋒劍賣。妳在壹進城是就要去磨刀鋪找磨刀師傅，花2500文錢用李大娘給妳的鐵劍磨成青鋒劍，在打完了女飛賊後，再去取。
11、與女飛賊的第壹戰，女飛賊將不會逃走，必須打敗她。
12、與彩依壹戰無法取勝，她壹定會逃走。
13、與毒娘子壹戰要打兩次，第壹次她是人形，必須打敗她，第二次她是蜘蛛，無法打敗她。
14、鎖妖塔內與蜀山前輩之間的壹戰不再是可選的，必須打。
15、與鎮獄明王壹戰，靈兒壹開始就力量覺醒，而不是打過壹回合之後才覺醒，當然也就不會有全體體力真氣恢復這回事了。
16、鎖妖塔下的七星磐龍不能被收入紫金葫蘆。
17、桃花林裏的Boss木道人不能用七大毒蠱相克的方法秒殺。
18、大理城內多了壹個“假仙劍”事件。
19、十年前的劇情有大改動，多了與石長老壹戰，還多了羅剎洞壹段。
20、去試煉窟之前如果有36個傀儡蟲給聖姑，可以避開與蓋羅嬌壹戰。
21、試煉窟裏的女媧遺跡被分為五個神殿，在五個不同的地方。
22、最後的Boss不是拜月，把拜月打敗之後還要再下水迷宮，走壹小段路，打拜月水魔獸的合體。