首先，在質監局辦理食品經營生產許可證，這個是辦理個體營業執照的前置許可，即必須先辦這個證才能在工商局申請辦理營業執照
其次，辦理完許可證再到工商部門辦理營業執照。根據我國《食品安全法》的相關規定第二十九條規定國家對食品生產經營實行許可制度。從事食品生產、食品流通、餐飲服務，應當依法取得食品生產許可、食品流通許可、餐飲服務許可。
小作坊食品加工許可證辦理主要有以下幾方面困難：
1、生產場地：取食品生產許可證對生產場地的選址，工藝流程，要求人流物流要分開防止交叉汙染，配備消毒設備，通風系統，采光等都有嚴格要求。
2、生產人員：食品生產許可證審核,要求必須要有實驗室,滿足產品出廠檢驗要求。化驗員執證上崗，所以需要企業自己去培訓化驗員.
3、設備設施：取證有明確的生產設備和檢測設備要求.而小作坊對這些設備的投入費用壹般都很難承擔.
辦理食品生產許可證需要準備的材料：
1、有效期內名稱預先核準通知書（或營業執照）復印件；
2、組織機構代碼證復印件；
3、法定代表人、負責人或投資人的資格證明或身份證復印；
4、經備案的企業標準（無國家標準企業采用的企業標準）；
5、生產加工場所有關情況、平面圖（標尺寸、面積等主要參數）及其有權使用證明材料（房產證、土地使用證或租賃合同）；
6、周圍環境平面圖；
7、各功能間布局圖復印件（標尺寸、面積等主要參數）；
8、設備布局圖；
9、工藝流程圖（附關鍵參數說明）；
10、當地環保部門核發的符合要求的證明文件復印件(環境影響批復及驗收報告或環保主管部門出具的證明文件)；
11、產品出廠檢驗報告、原始記錄、產品比對實驗報告、委托檢驗協議及報告；
12、產品使用說明書或產品標簽；
13、各項質量安全產管理制度文本及清單；
14、生產設備、檢驗設備清單及有權使用證明(購買憑據、合同或企業自我承諾書)；
15、現行有效的國家、地方、行業標準清單及文本；
16、生產過程中所需的各種規程、作業指導書等工藝文件；
17、原輔材料、包裝材料、食品添加劑等產品供應商的生產許可證、營業執照、合格檢驗證明或報告；
18、申請書格式文本；
19、各項企業質量安全記錄（與質量安全管理制度相對應）；
20、其它相關證明文件（如：員工健康證、檢驗員證等）。
擴展資料
營業執照是工商行政管理機關發給工商企業、個體經營者的準許從事某項生產經營活動的憑證。其格式由國家工商行政管理局統壹規定。
其登記事項為：名稱、地址、負責人、資金數額、經濟成分、經營範圍、經營方式、從業人數、經營期限等。營業執照分正本和副本，二者具有相同的法律效力。正本應當置於公司住所或營業場所的醒目位置，營業執照不得偽造、塗改、出租、出借、轉讓。
沒有營業執照的工商企業或個體經營者壹律不許開業，不得刻制公章、簽訂合同、註冊商標、刊登廣告，銀行不予開立帳戶。
應具備的條件
1、有經營能力的城鎮待業人員、農村村民以及國家政策允許的其他人員，可以申請從事個 體工商業經營；
2、申請人必須具備與經營項目相應的資金、經營場地、經營能力及業務技術。
應提交的材料
（壹）申請人提交書面申請報告；
（二）申請人身份證明；
1、城鎮待業青年和其他無業人員，應持有勞動部門核發的待業證明；
2、退、離休人員應持退、離休證，提前退休憑單位退休證明；
3、辭退職（包括留職停薪）人員，應持有原單位批準的證明；
4、下崗職工，應持有勞動部門的下崗證；
5、農村村民，應持有當地鄉（村）證明。上述人員登記時須持身份證，外地人員還須持有本市公安部門出具的暫住證，證生部門出具的流動人口計劃生育證明（18周歲以上，50周 歲以下）。
（三）個體工商戶開業登記申請表；
（四）經營場地證明：
1、利用自有私房（非住宅）應遞交房產產權證明，產權人把此房作為經營用房的證明；
2、利用自用公房應遞交房管部門的住改非證明；
3、經營場地租用的，應遞交房屋租憑協議和房屋產權證明；
4、經營場地在路邊弄口，應遞交交通、市容或城建部門的占用道路許可證或批準件；
（五）申請從事國家有關專項規定的行業或品種的生產經營，應提交許可證或有關部門的審批文件；
（六）聘用從業人員的，應提交與從業人員簽訂的勞動合同及從業人員的身份證明；
（七）登記機關認為應提交的其他證明文件。
參考資料：