哺乳動物主要有馬鹿、兔子、鵝喉羚(羚羊)和赤狐。其他哺乳動物包括野豬、狼、草兔、塔裏木兔、海貍、大耳海貍、蝙蝠、掃雪機、水貂、貓鼬、草原虎斑貓、大耳鼠兔、巴塔哥尼亞、拉達克鼠兔、黃鼠狼、沙松鼠、旱獺、跳鼠、象鼠和倉鼠。
鳥類主要有黃毛鵲、柳鶯、鵪鶉、鷹、環頸雉等。中日候鳥保護協定鳥類包括大天鵝、小天鵝、紅馬鴨、穆德鴨、潛鴨、黃鴨和角百靈鳥。其他鳥類包括貓頭鷹、啄木鳥、金鶯、斑鳩、白鷺、小海鷗、斑點鵝、鷂、秧雞、野鴿、家燕、黑雨燕、沙雲雀、雲雀、食肉鳥、烏鴉、地烏鴉、稻葦鶯、樹麻雀、象麻雀、沙鳥。
魚類當地經濟魚類有塔裏木裂腹魚(nipping)和扁吻魚(bighead)兩種，小雜魚1種。引進的魚類有綠草、鰱魚、鱅魚(四大魚類)和鯉魚、鯽魚、鯿魚、鯿魚等養殖魚類。其他地方自然現象帶入的小雜魚有麥穗魚、棒花等魚。
兩棲爬行動物包括蟾蜍、牛蛙、蜥蜴、林蛙、沙蜥；昆蟲包括蜜蜂、蚱蜢、黃蜂、蟋蟀、蜘蛛、水蛭、螳螂、潮蟲、螞蟻、蝴蝶、蜻蜓、螢火蟲、蠍子、蒼蠅和蠓。阿克蘇市共有野生植物51科，232屬，497種。木本樹木主要有胡楊、胡楊、榆樹、沙棗、沙棘、多枝檉柳(毛檉柳、多枝檉柳、垂枝檉柳)、刺玫果、白麻等。
草本植物主要有蘆葦、香蒲、芨芨草、堿蓬、鹽地堿蓬、裸果樹、鐵線蓮、水葫蘆、草木樨、黃三葉(野生苜蓿)、肉蓯蓉、芝麻菜、白子菜、薺菜、伸筋草、報春花。
主要藥材為甘草。、黨參、大雲、麻黃、阿魏、當歸、羌活、赤芍、板藍根、黃芪、大黃、大米、羅布麻、龍膽草、紫草、附子、鎖陽、貝母、車前草、枸杞、蘭花、蒲公英、菟絲子和紅花