它們絕大多數“居住”於人體的消化道及生殖系統之中，可以通過多種方式增強人體健康，能夠產生明確的健康功效，諸如改善腸道微生物的組成結構，調節人體免疫功能，預防或減輕多種疾病的發生，例如益生菌可以預防艱難梭菌相關性腹瀉，輔助治療胃幽門螺桿菌感染。
目前可用於食品和膳食補充劑工業生產的益生菌菌株大多屬於乳酸桿菌類（如鼠李糖乳桿菌、嗜酸乳桿菌、幹酪乳桿菌）、雙歧桿菌類（如長雙歧桿菌、動物雙歧桿菌、嬰兒雙歧桿菌、嗜熱雙歧桿菌）、嗜熱鏈球菌、馬克斯克魯維酵母等。而在我國，比較常見的益生菌有20多種。
特別需要強調的是，益生菌具有菌株特異性，也就是說當我們談到益生菌時，必須明確到菌株號（例如鼠李糖乳桿菌Lr-32、長雙歧桿菌BB536等），否則都是不準確的。
此外，由於絕大多數益生菌都是厭氧菌，被人體口服後，它們可能會在通過胃和小腸的過程中死亡，只有當數量龐大時，或進行較好的包衣處理後，極少數“幸運者”才能進入大腸並存活下來，所以服用益生菌制劑時需要特別註意以下2點：
①壹般飯後用溫開水或溫牛奶沖服，避免水溫過高；
②活菌制劑與抗酸藥、抗菌藥、藥用活性炭等壹起服用可能會減弱療效，應避免同服或應至少間隔2小時左右。
什麽是益生元？
了解完“益生菌”之後，我們再來聊聊它的好搭檔“益生元”。
益生元的概念由益生元之父格倫·吉布索提出，指壹些不被宿主消化吸收卻能夠選擇性地促進體內有益菌的代謝和增殖，從而改善宿主健康的有機物質（壹般為非澱粉多糖或低聚糖）。
而根據2021年中國營養學會發布的《益生元與健康專家***識》中所描述，益生元是壹類不能被人體吸收利用、但能被特定微生物（如腸道中的有益菌）選擇性利用的食物成分，從而起到給宿主帶來健康益處的作用。
益生元雖然不能直接對機體起作用，但它能促進益生菌的生長繁殖，抑制致病菌在腸道的定植和生長，從而改善腸道微生態，通俗的說，益生元就是益生菌的“養料”或“食物”。
例如低聚半乳糖能促進雙歧桿菌的生長，並能被腸道菌群發酵成短鏈脂肪酸，從而有助於改善腸道生理功能。不僅如此，還有部分益生元具有改善鈣吸收和促進骨健康，幫助改善大便性狀和頻率，促進營養素的代謝的作用，甚至可作用於免疫系統，減少感染和過敏風險。
國際益生菌和益生元科學協會（ISAPP）最新定義指出菊粉（如下圖所示）、低聚果糖、低聚半乳糖等寡糖和多糖，植物提取物，多不飽和脂肪酸，酚類等均可作為益生元使用，但證據等級較高的還是經典定義中的那幾類低聚糖。
目前，大多數的益生元被當作食品添加劑，用於塗抹醬、乳制品、餅幹、巧克力、谷類食品等的制作，而乳果糖則是醫院常見的益生元成分。此外，益生元還存在於許多天然的高纖維食物中，如壹些水果、蔬菜和谷物等
從益生菌和後生元的定義來看，益生菌強調的是活菌，而後生元則是不含有活菌，即通過壹定的方式有意對微生物細胞進行滅活，主要包括滅活菌體、細菌代謝產物以及菌體細胞裂解物等組分。由於後生元不含有活菌，因此其天然具備安全性高和穩定性強的特點，很好地解決了益生菌在應用過程中遇到的難點，極大地擴展了後生元的商品型態和適用場景。
壹般傳統活菌型益生菌,需經過傳統三部曲,才能對人體發揮健康作用。
第壹部: 需有包埋技術,保護活菌順利通過胃酸與膽鹽.
第二部: 腸道需有良好的菌相,這些活菌才能順利在腸道駐紮定殖.
第三部: 這些活菌經過48~72小時，才能生成對人體產生健康功效之代謝產物.
我們通常講的死菌，系代表未能通過上述三部曲考驗,在人體內死掉的菌。
而後生元,系利用專利熱封技術,生產制作的滅活菌. 利用高科技設備, 模擬人體腸道環境, 直接生成對人體產生健康功效之代謝產物. 飲用後直接吸收,不需透過活菌型之傳統三部曲。後生元是對宿主健康有益的無生命微生物和/或其成分的制劑，主要包括滅活菌體、細菌代謝產物以及菌體細胞裂解物等組分。在微生物研究領域，後生元是近些年興起的壹個研究熱點，也是腸道健康新的解決方案。相比於益生菌，後生元具有耐氧耐高溫、耐加工和耐久存等突出優點，且不存在細菌移位、耐藥性基因傳遞或者致病菌汙染等嚴重安全隱患，不需要定植就能發揮平衡腸道菌群、增強免疫、調節生理機能和促進動物健康生長等作用。
隨著替抗時代的來臨，後生元將成為壹類具有廣闊應用前景和巨大商業價值的新型健康原料。後生元可以應用於食品、動保等領域。例如食品添加後生元、動物飼料添加劑等。