單壹國註冊：想要在具體國家得到保護就向相關的國家提交申請，國內可以沒有註冊商標。
馬德裏註冊：通過國內商標局提交壹份申請指定在相關的國家提交申請，需要以國內註冊商標為基礎。
馬德裏註冊和單國註冊的比較：
1、馬德裏壹份申請可指定在多個國家申請，如果不遇上單國審查意見或初審駁回或異議，程序比單國註冊要簡潔，采用馬德裏商標國際註冊就可以節省壹定費用；但是如果遇到臨時駁回等情況還是必須按照單國的程序，要另外支付相應費用，可能花費更多。
2、馬德裏國際註冊不能進行查詢，如果在後期實質審查中由於近似或相同商標在有些國家被駁回，已交註冊費不會退；單國註冊壹般都可進行在先近似查詢，減少駁回幾率。
3、馬德裏國際註冊要求與國內基礎註冊壹致，而我國商標審查準則與某些國家的審查準則有差異，且馬德裏國際註冊不能進行事先查詢，所以通過馬德裏申請遇到的答復審查意見和答復駁回的幾率要比單個國家的方式申請註冊高；而通過單國申請註冊的方式可以由各國合作機構的律師在申請前進行在先的判斷和把關，盡可能提前排除商標申請過程中的障礙，減少以後遇到官方審查意見和駁回的幾率，為申請人節省時間和費用。
4、馬德裏國際註冊必須基於壹定的國內基礎註冊；單國註冊壹般沒有限制。
5、馬德裏國際註冊僅有壹份國際局核發的國際註冊證明而沒有直接證明商標權利的註冊證（絕大多數成員國不會單獨核發商標註冊證）；單個國家的商標註冊完成後都會核發註冊證直觀地表明在各國的商標權利。而馬德裏註冊如需要在各成員國的註冊證，須委托當地的律師事務所辦理，費用不菲。
6、馬德裏註冊效力具有不穩定性（中心打擊原則）。國際註冊五年後才能與原屬國（國內）註冊脫鉤，壹旦原屬國（國內）註冊在五年內被撤銷，國際註冊也將被撤銷。所以，現在除了個別純協定書成員國外，只要在我國拿到受理通知就可以指定其他的90多個國家，壹方面降低了申請門檻，另壹方面也增加了註冊的風險。