珠海市橫琴新區工商局內設機構主要職責。
（壹）辦公室：負責文電、會務、機要、保密、檔案等機關日常工作；承擔綜合材料、宣傳、政務公開、信訪、應急管理等工作；按權限負責人事、財務、資產管理工作；負責黨群、紀檢監察、思想政治和信息化建設工作。
（二）法規科：組織開展工商行政管理執法監督和聽證工作，承擔、參與有關行政復議、行政應訴和行政賠償工作；組織開展法制宣傳教育工作；組織實施執法責任制。
（三）企業註冊監管科（外商投資企業註冊科）：負責轄區內各類企業、農民專業合作社、個體工商戶、外國（地區）企業常駐代表機構及外國（地區）企業來華經營登記註冊相關工作；負責各類市場主體登記事項的監督管理、信用分類管理等工作；指導查處違反工商登記法律法規、規章的行為，指導查處取締無照經營行為。
（四）市場規範管理科：承擔規範維護商品交易市場經營秩序工作，組織實施合同行政監督管理；承擔網絡商品交易及有關服務行為監督管理工作；承擔動產抵押物登記、經紀人、拍賣行為管理工作；指導監督管理商標、廣告相關工作；指導查處合同欺詐、商標侵權假冒、發布虛假廣告等違法行為。
（五）食品流通監督管理科：承擔流通領域商品質量監督管理和消費者權益保護工作；按分工查處制售假冒偽劣商品案件及相關領域侵害消費者合法權益等違法行為；組織實施流通環節食品安全監督檢查、質量檢測及相關市場準入制度；承擔流通環節食品安全重大突發事件應對處置工作；承擔食品流通許可證的核準和發放工作。
（六）經濟檢查科：組織實施反不正當競爭、監督管理直銷和禁止傳銷的措施、辦法；監督管理直銷企業、人員及其活動；查處轄區內違反工商行政管理法律、法規、規章的經濟違法違章案件。
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