藥用栽培始於漢，1972年甘肅武威漢墓中發現記載有牡丹治療“血淤病”的記載。 觀賞栽培始於唐，甘肅距離隋唐政治、經濟、文化中心的關中地區和長安地區的空間距離近，是繁榮的絲綢之路的壹部分。觀賞栽培發展於宋（金），因戰亂頻繁，尚未發現文字記載，但可從考古發掘中得知，牡丹已經成為民間藝術及裝飾雕刻的題材之壹。品種群形成於明清，文字記載比較多，“佛頭青”、“綠蝴蝶”、“太士黃”等傳統品種，至少是從清朝及其以前流傳下來的。品種群發現和研究於80年代以後，李嘉玨《臨夏牡丹》是該品種群研究和發展的新的起點。
紫斑牡丹傳統栽植區域分布於山西西安以西，青海西寧以東，寧夏及甘肅南部，主要在在甘肅形成品種起源、演化和栽培中心，並分布到鄰近的青海、山西、寧夏等西北其他地區。紫斑牡丹品種已經超過300個，集中栽培分布於甘肅蘭州、臨夏、臨洮、隴西等地，其種植規模、品種數量和在國外的影響，使之成為中國牡丹僅次於中原牡丹的第二大品種群。
國外的引種栽培，始於1925～1926年間，約瑟夫·洛克(Joseph F. Rock)在甘南卓尼縣壹個喇嘛寺對紫斑牡丹進行采種，並送往美國阿諾德樹木園成功播種，然後被擴散到世界各國。90年代以後，國外開始對紫斑牡丹進行零星引種栽植，近幾年來，開始大規模苗木出口。蘭州牡丹園藝公司和榆中和平牡丹園是進行紫斑牡丹外貿出口的兩家最大的公司，但前者規模更大，力度更強。國內引種栽培，在各個歷史階段都在零星的進行。1996年，中國園藝協會牡丹芍藥分會第四屆年會在甘肅省蘭州市召開，使國內牡丹專家首次認識到紫斑牡丹，使紫斑牡丹在全國特別是華北地區和中原地區開始大規模推廣栽植。以蘭州牡丹園藝公司成功為沈陽植物園牡丹芍藥園引種栽培紫斑牡丹並獲得成功為標誌，2003年以後，紫斑牡丹在東北地區的推廣栽植活動開展得轟轟烈烈，隨後，紫斑牡丹在內蒙、新疆、青海、西藏等北方寒冷、幹旱地區得到廣泛栽植，紫斑牡丹在全國的推廣栽植獲得進入全面發展期。