本條例所稱農業，是指種植業、林業、畜牧業、漁業等行業，包括產前、產中、產後與其直接相關的服務。第三條閩臺農業合作遵循優勢互補、互利互惠、全面合作、共同發展的原則。
從事閩臺農業合作活動應當遵守相關法律法規。第四條臺灣省同胞從事閩臺農業合作，享受與本省居民同等的投資待遇，享受同等的優惠政策和優質服務。第五條省人民政府應當將閩臺農業合作納入本省國民經濟和社會發展規劃，制定促進閩臺農業合作的政策措施。
省人民政府應當發揮海峽兩岸農業合作試驗區和現代林業合作試驗區的窗口、示範和輻射作用，促進農業資金、技術、良種、設備等生產要素赴臺引進和合作。第六條縣級以上地方人民政府閩臺農業合作主管部門負責本行政區域內閩臺農業合作的組織、協調和服務工作。
縣級以上地方人民政府其他有關部門按照各自職責負責閩臺農業合作相關工作。第二章合作與交流第七條地方各級人民政府應當根據本地實際，采取有效措施，促進閩臺農業合作與交流。第八條鼓勵下列閩臺農業合作項目:
(1)農業綜合開發；
(二)良種的引進、選育、試驗、示範和推廣；
(三)特色農產品生產經營；
(4)農業高技術；
(5)農產品精深加工業；
(6)新型農業產業；
(7)農產品物流；
(8)休閑農業；
(九)國家和省鼓勵的其他項目。
從事前款規定的合作項目的，享受國家和本省相應的扶持政策。第九條臺灣省同胞可以代理閩臺農業合作投資業務，進行閩臺農業合作項目策劃，參與農業經貿活動。第十條從事閩臺農業合作的臺灣省同胞可以依法發起或者加入農民專業合作經濟組織。第十壹條臺灣省同胞可以直接在市、縣(區)工商行政管理部門登記申請設立個體工商戶，依法從事閩臺農業合作活動。第十二條鼓勵企業、教學科研機構和個人開展閩臺農業合作與交流。
鼓勵臺灣省同胞在本省從事農業科研、教學、培訓、咨詢等活動。
臺灣省同胞可以在本省單獨或者與企業、教學科研機構以及其他組織合資、合作設立農業科學技術研究開發和推廣機構。
臺灣省同胞可以依托其企業、教學和科研機構作為項目負責人申請農業科研項目。
鼓勵本省科技人員、管理人員和教學人員赴臺開展農業合作交流活動。第十三條鼓勵引進和推廣適合本省的農業新品種、新技術、新農藥、新肥料和新設備，建立臺灣省農業技術、新產品推廣中心。第十四條鼓勵發展閩臺農業勞務合作與交流，有關部門應當提供相應的勞務培訓服務和資金支持。第十五條鼓勵臺灣省同胞開展閩臺農業合作和信息服務交流。
鼓勵本省單位和個人建設閩臺農業合作交流信息服務網站。第十六條鼓勵閩臺農業知識產權領域的合作與交流，依法保護知識產權。第三章服務與保障第十七條地方各級人民政府及其有關部門應當加強對閩臺農業合作的服務，改善投資環境，提高辦事效率，嚴格依法辦事，切實保護臺灣省同胞和閩臺農業合作企業的合法權益。第十八條省人民政府設立閩臺農業合作專項資金，市、縣(區)人民政府根據需要設立閩臺農業合作專項資金。閩臺農業合作專項資金列入同級財政預算。
閩臺農業合作專項資金用於閩臺農業合作重點項目建設、交流平臺建設、科技研發與推廣、人員培訓與交流活動。第十九條經國務院有關部門或者省人民政府批準，縣級以上地方人民政府可以設立臺灣省農民創業園和閩臺現代農業合作示範區。
縣級以上地方人民政府應當對臺灣省農民創業園和閩臺現代農業合作示範區的基礎設施建設和重點農業高新技術項目給予資金支持。
縣級以上地方人民政府應當在土地利用總體規劃中統籌安排臺灣省農民創業園的用地規模和布局；對臺灣省農民創業園內符合條件、經批準的閩臺農業合作項目，在合法、經濟、高效的前提下，優先統籌用地。第二十條閩臺農業合作企業可以申報農業產業化龍頭企業和品牌農業企業，經認定後享受縣級以上地方人民政府相應的優惠政策。
閩臺農業合作企業經法定認證機構認證後，可以申報無公害農產品、綠色食品、有機食品標誌使用權，享受縣級以上地方人民政府相應的優惠政策。
閩臺農業合作企業可以申報中國著名商標、中國名牌產品、中國名牌農產品、福建省著名商標、福建省名牌產品等。，並經認定後享受縣級以上地方人民政府相應的優惠政策。