井岡山植物、動物區系復雜，區系成分繁多，生物資源豐富。距今約6000萬年前遺留下來的，比較古老而又完整的新生代第三紀型森林生態系統，已查明有高等植物280科800余屬3400余種。列入《世界自然保護聯盟物種紅色名錄》的植物有10種，列入《瀕危野生動植物種國際貿易公約》附錄II的有38種，列入《中國物種紅色名錄》的有67種，列入《中國國家重點保護野生植物名錄》的有23種。在中國特有種子植物460種中，井岡山特有種子植物20種，還有列入省級保護的78種。
井岡山市已查明脊椎動物有307種，其中哺乳類42種，鳥類162種，爬行類41種，兩棲類29種，魚類35種。昆蟲類種類達21000種，區內分布有多種珍稀瀕危動物，列入《世界自然保護聯盟物種紅色名錄》有13種，列入《瀕危野生動物種國際貿易公約》附錄的有17種，列入《中國物種紅色名錄》的有37種，在列入《中國國家重點保護野生動物名錄》的有38種中，井岡山有特有動物25種。代表動物有黃腹角雉、猴面鷹、藏酋猴、水鹿、穿山甲、烏梢蛇、百花蜥、水鯢（娃娃魚）、虎紋蛙、棘胸蛙等等。 截至2013年，據地質勘測資料和群眾報礦，井岡山市有瓷土、稀土、砂（巖）金、鈾、鎢、錫、鋁、鋅、鎂、銅、硫鐵、螢石、石墨、水晶、石棉、花崗巖、鈮鉭礦等10余個礦種，其中瓷土礦、稀土礦儲量豐富，為兩大優勢礦種，其他均以小型礦點出現。七裏船、西眉山壹帶，下莊至行洲壹帶的山嶺中，發現的鈮鉭礦，在江西省尚屬首次。
井岡山市的瓷土主要分布在東上鄉的高涼寨，荷花鄉的大廟、大倉，葛田鄉的下古田等地。總儲量為2500萬噸。稀土主要分布於大塘、下古田、東上、龍市、睦村等地。據初步探明儲量約為1200噸，其中大塘礦區儲量415噸，下古田礦區309噸，龍市礦區173噸，東上礦區176.6噸，睦村礦區85.6噸。鎢主要分布於東上鄉泥湖、七裏船、白石坳壹帶，含鎢礦體8條，礦脈走長約3710米，平均為463.7米，脈幅平均1.68米，總厚度12.93米，礦體為石黃脈型。下七、長坪儲量約3萬余噸，純度達65%。葛田鄉有螢石礦，荷花鄉有葛藤窩、樟樹坡2個砂金礦點，東源水河床及兩巖也有發現。在錫坪、桐木嶺和白銀湖地域查明有金、銀、硫磺。拿山鄉巖前村有石灰巖。長坪、拿山、東上有大理石。煤鐵主要分布在拿山、廈坪、盆地的周邊低山丘陵地層之中，品位不高，儲量不大。