(1)認證對象不同。無公害大米和綠色食品大米是通過米制品認證的，屬於質量認證商標，而有機食品大米是通過土地和生產者認證的，更強調生產過程中的質量控制和產品溯源檢驗。
(2)質量安全指標要求不同。無公害大米和綠色食品大米產品的執行標準不同，綠色食品大米在產品質量要求、農藥殘留、重金屬等方面比無公害大米更嚴格。國際有機食品大米壹般不要求對產品進行檢測。
(3)商標的性質和標識不同。無公害大米和綠色食品大米的標識為產品質量證明商標，有機食品大米為生產工藝證明商標。分別使用無公害大米標誌、綠色食品標誌和有機食品標誌。
(4)質量安全水平不同。無公害大米相當於國家標準安全食品，綠色食品大米相當於發達國家常見的安全標準食品，有機食品大米相當於生產國或銷售國的安全標準食品。
(5)認證方式不同。無公害食品大米和綠色食品大米:根據標準，強調從土地到餐桌的全過程質量控制。檢驗與測試並重，註重產品質量。有機食品大米:實行檢查員制度，國外通常只檢查生產過程；我國以檢驗為主，測試為輔，強調生產方式。
(6)經營方式不同。無公害食品大米——政府運作，公益認證；原產地標識和產品認證相結合，由政府頒發。綠色食品大米——政府推動和市場運作；質量認證與商標轉讓相結合。有機食品大米——社會化商業認證行為；因地制宜，市場運作。
(7)不同的環境質量要求。產地環境的空氣質量要求、灌溉水質要求、土壤環境質量要求的監測指標和允許限值不同。產地環境質量要求有機食品大米比綠色食品大米嚴格，綠色食品大米比無公害食品大米嚴格。