(2)受理和文本審查。省綠辦收到上述申請材料後，進行登記、編號，在五個工作日內完成對申請材料的審查，並向申請人出具文件審查意見通知書，抄報中央認證辦。認證申請材料不齊全的，要求申請人在收到《文獻綜述意見通知書》後10個工作日內提交補充材料。認證申請材料不合格的，通知申請人在本成長周期內不再受理其申請。申報材料合格的，實施下壹步程序。
(3)現場檢查和產品抽樣。省綠辦應在《文獻審查意見通知書》中明確現場檢查計劃，經申請人確認計劃後，指派2名以上檢查員進行現場檢查。檢查員按照《綠色食品檢查員工作手冊(試行)》和《綠色食品產地環境質量調查技術規範(試行)》規定的相關項目進行逐項檢查。每個檢查員應分別填寫現場檢查表和檢查意見。現場檢查和環境質量狀況調查應在5個工作日內完成，完成後5個工作日內將現場檢查評價報告、環境質量狀況調查報告及相關調查資料報送省綠辦。現場檢驗合格的，可以安排產品抽樣。申請人提供近壹年綠色食品指定產品監測機構出具的產品質量檢驗報告，並經檢驗員確認符合綠色食品產品檢驗項目和質量要求的，免於產品抽樣檢驗。對通過現場檢驗並需要抽樣檢驗的產品安排產品抽樣。
(4)環境監測。綠色食品產地環境質量現狀調查由檢查員在現場檢查時同步完成。經調查，確認產地環境質量符合《綠色食品產地環境質量狀況調查技術規範》規定的豁免條件，免於環境監測。根據《綠色食品原產地環境質量調查技術規範》的相關規定，經調查確認需要開展環境監測的，省級綠色辦應在收到調查報告後2個工作日內書面通知綠色食品指定環境監測機構開展環境監測，並將通知抄送中央認證辦。指定的環境監測機構接到通知後，應在40個工作日內出具環境監測報告，連同填寫好的綠色食品環境監測表，直接報送中央認證辦，同時抄送省級綠色辦。
(5)產品測試。指定的綠色食品產品監測機構在收到樣品、產品執行標準、綠色食品產品抽樣清單和檢驗費用後，應在20個工作日內完成檢驗工作，出具產品檢驗報告，連同填寫好的綠色食品產品檢驗表壹並報送中央認證辦，同時抄報省級綠色辦。
(6)認證審核。省綠辦收到督察員現場檢查評價報告和環境質量調查報告後，在3個工作日內簽署審查意見，並將認證申請材料、督察員現場檢查評價報告、環境質量調查報告和省綠辦綠色食品認證表報送中央認證辦。收到省綠辦提交的材料、申請人直接寄送的環境監測報告、產品檢測報告和申請綠色食品認證基本情況調查表後，中心認證辦進行登記和編號，確認收到最後壹份材料後2個工作日內出具受理通知書，書面通知申請人並抄送省綠辦。中心認證辦公室組織審查員和有關專家對上述材料進行審查，並在20個工作日內作出審核結論。審核結論為“有疑問，需要現場檢查”的，中心認證辦將在2個工作日內完成現場檢查計劃，書面通知申請人，並抄送省級綠辦。經申請人確認後，將在5個工作日內派出檢查員再次進行現場檢查。審核結論為“材料不齊全或者需要補正”的，中央認證辦向申請人發送《綠色食品認證審核通知書》，並抄送省級綠色辦。申請人應在20個工作日內向中央認證辦公室提交補充材料，並抄送省級綠辦。審核結論為“合格”或“不合格”的，中央認證辦將向綠色食品評審委員會提交認證材料和認證審核意見。
(7)認證審查。綠色食品評審委員會在收到認證材料和認證部門的審核意見後，應在10個工作日內進行綜合評審，並作出最終認證結論。認證的最終結論分為合格認證和不合格認證兩種情況。結論為“認證合格”，執行下壹道程序。結論為“認證不合格”，評審委員會秘書處在作出最終結論後2個工作日內向申請人發送認證結論通知書，並抄送省綠辦。該生產周期將不再接受其應用。
(8)認證。中心將在5個工作日內將認可的相關文件發送給“獲證合格”的申請人，並抄送省綠辦。申請人應在60個工作日內與中心簽訂綠色食品標誌和商標使用許可合同。中心主任頒發的證書。