南京地鐵1號線、2號線及10號線全部由壹列6節編組車廂的A型列車負責商業客運運營，地鐵3號線由壹列6節編組車廂的A型鼓型列車來執行商業客運運營，地鐵S1號線使用6節B型鼓型列車，地鐵S8號線使用4節編組B型鼓型列車。
南京地鐵列車全部采用架空接觸網，由列車受電弓在接觸網上滑行接觸受電，鋼輪鋼軌制式，軌距1.435米，由南京浦鎮車輛公司和法國阿爾斯通公司聯合體建造，Metropolis系列。 南京是中國大陸地區第六個擁有地鐵的城市，南京地鐵的建設者依靠“地鐵精神”，在工作中實現了多項全國之最。
壹是綜合造價每公裏3.92億元，為國內地鐵建設中綜合造價最低；
二是在以裏程計算費用的城市地鐵中票價為最低，讓乘客得到實惠；
三是運營用工人數全國最少，每公裏用工不超過46人，全線不超過1000人，幾乎是標準定額的壹半，降低了運營成本；
四是車站藝術品數量為全國單線最多，藝術品設計富含南京文化古都底蘊，彰顯地鐵文化，雅俗***賞；
五是地鐵資源開發獨樹壹幟，運營首年資源收入可達7000多萬元，地鐵運營當年通過資源開發收益補償在不還本付息，不提取折舊的情況下，可實現收支基本平衡；
六是在模擬試運營之日，就實現了地鐵、公交、出租車“壹卡通”，這在全國是第壹家；
七是在確保工程進度的同時研究解決建設過程中的關鍵技術難題，南京地鐵***完成科研項目21項，已完成11項科研成果鑒定。 2007年12月，“南京地鐵壹號線壹期工程”喜獲2007年度國家優質工程銀質獎榮譽稱號，是全國城市軌道交通三個獲獎項目之壹，也是迄今為止國內唯壹的全線由建設單位整體申報的地鐵獲獎項目。
2008年2月，南京地鐵2007年創建的“人文地鐵”服務品牌在會上獲得中國公***事業行業十大影響力品牌，國內地鐵行業僅此壹家。
2008年4月，由國家建設部與中國市政工程協會聯合開展的2007年度全國市政金杯示範工程獎揭曉，“南京地鐵壹號線（壹期）工程”繼獲得2007年度“國家優質工程”銀質獎後，又榮獲2007年度“中國市政金杯示範工程獎”，並在全國61個獲獎工程中名列第壹。
2008年4月16日，南京地鐵建設工程榮獲2007年度市級“工人先鋒號”。
2009年8月，南京地鐵參與編制國家標準“城市軌道交通建設項目管理規範”。
2009年10月20日，南京地鐵參加編制國家標準《城市軌道交通試運營標準》。
2010年2月4日，在南京市政府組織召開的全市安全生產暨消防工作會議中，南京地鐵再次榮獲南京市安全生產先進單位，並首次被評為二等獎。
2010年2月下旬，南京地鐵作為第壹單位完成“南京地鐵典型車站模式研究”和“南京地鐵壹號線運營風險控制關鍵技術研究”2項成果榮獲2009年度南京市科技進步二等獎，“南京地鐵綜合管理信息化系統”和“軌道交通規劃線網的修建順序研究”2項成果榮獲2009年度南京市科技進步三等獎。此外，南京地鐵作為第二單位與南京市交通規劃研究所有限責任公司聯合完成“軌道交通與地面交通壹體化銜接研究”獲得2009年度南京市科技進步三等獎。
2010年3月25日，南京市創建勞動關系和諧企業和工業園區工作領導小組授予地鐵運營分公司“2009年度南京市勞動關系和諧企業”稱號。
2010年3月底，南京地鐵地產項目（仙林青龍地塊項目和油坊橋站上蓋物業項目）獲2010年中國商業地產年會“最具投資價值獎”。
2010年4月21日，南京地鐵運營分公司榮獲首批省級“平安企業”稱號。
2010年7月14日，首屆全國MBA院校“百篇優秀教學案例”頒獎典禮在清華大學舉行。南京地鐵“人文地鐵”品牌戰略案例成為獲獎的95個案例之壹。
2010年9月3日，作為南京地鐵運營分公司唯壹的內部刊物《地鐵運營》報，在創刊四周年之際，該報獲得了“南京市優秀連續性內部資料性出版物”稱號。
2010年9月初，南京市人力資源和社會保障局授予南京地鐵運營分公司“南京市社會保險費申報繳納誠信單位”稱號。
2013年1月，南京市住建委、市政府新聞辦公室主辦的魅力南京“百佳”城鄉建設成果評選活動結束，南京地鐵以4044票的高分拔得頭籌，獲得南京十佳城市建設項目的榮譽。同時，南京地鐵運營公司還獲得了南京市“十佳供保單位”的稱號。
2013年1月21日，在南京市文化廣電新聞出版局組織的優秀連續性內部資料性出版物評選活動中，《地鐵運營》報榮獲“南京市優秀連續性內部資料性出版物壹等獎”。
2013年2月初，在南京地鐵珠江路糖果車站五周歲生日之際，該站獲得江蘇省交通運輸廳評出的“江蘇省城市公交行業十佳服務品牌”稱號。
2013年3月，南京地鐵與南京浦鎮車輛廠聯合承擔的“自主國產化地鐵列車集成設計與制造”項目獲2012年度江蘇省科技進步二等獎。
2013年8月，南京地鐵“地下工程施工安全風險理論與實踐”成果獲得2012年中國巖石力學與工程學會科技進步壹等獎。
2014年4月25日，南京市交通運輸局召開第二屆亞青會運輸保障總結暨青奧會運輸保障動員大會，南京地鐵運營公司榮獲亞青會運輸保障優秀團隊。
2014年5月，南京市人民政府印發了《市政府關於公布2013年度南京名牌產品的通知》，公布了2013年度南京名牌產品名單，其中南京地鐵運營公司城市軌道交通運營服務“人文地鐵”註冊商標被列入服務業產品目錄。
2014年5月，南京市人民政府印發了《市政府關於公布2013年度南京市政府質量獎的通知》，公布了2013年度市質量獎和市長質量獎獲獎企業名單，其中南京地鐵運營有限責任公司被授予2013年度南京市市長質量獎提名獎，成為唯壹獲此殊榮的企業。
2014年6月，南京地鐵運營公司榮獲南京市節能工作領導小組頒發的“2013年度南京市節能工作先進單位壹等獎”。
2014年9月5日，江蘇省協調勞動關系三方委員會召開省模範勞動關系和諧企業表彰大會，南京地鐵運營公司榮獲“第四次江蘇省模範勞動關系和諧企業”稱號。
2014年9月下旬，南京地鐵珠江路“糖果車站”成功獲得“南京市第四批服務品牌”稱號，“人文地鐵”服務品牌順利通過市文明辦復審。
2015年1月，南京市法制宣傳教育領導小組近日印發《關於表彰全市“六五”普法中期先進集體、先進個人的決定》，南京地鐵集團公司被評為南京市“六五”普法中期先進集體。
2015年1月27日，由人民日報社、新浪網、微博聯合主辦的“新形勢·新常態·新思維——2015移動政務峰會”對2014年優秀政務微博機構及個人進行表彰。南京地鐵官方微博表現優異，成為江蘇地區唯壹榮獲“全國十大交通機構微博”稱號的政務微博機構。
2015年1月23日，南京地鐵資源開發公司榮獲由中國交通企業管理協會組織的“2014年全國交通企業管理現代化創新成果壹等獎”。
2015年4月，南京地鐵建設有限責任公司三號線城中項目部（現三號線工程管理二處）榮獲2014年度“南京市青年安全生產示範崗”榮譽稱號，受到***青團南京市市委的表彰。
2015年4月28日，《人民日報》官方微博發布《2015年壹季度全國政務微博影響力報告》，南京地鐵官方微博再次入選“全國十大交通機構微博”榜單，排在北京地鐵、上海地鐵之後位列第三。
2015年7月上旬，經行業主管部門推薦及交通運輸部審核，確定南京地鐵運營公司為全國城市公***交通領域安全生產風險管理獨家創建示範試點單位。