我國2002年12月修改的《農業法》第二十三條規定： 符合規定產地及生產規範要求的農產品可以依照有關法律或者行政法規的規定申請使用農產品地理標誌。
這是除了《商標法》之外提到地理標誌的另壹部法律。由於人們對地理標誌的認識都基於知識產權保護的原理，另外質檢機關又多年來壹直進行相關的工作，因此在理解《農業法》上述規定時壹般會以為有關法律或行政法規應當是《商標法》或《地理標誌產品保護規定》。
但是，因為目前我國的地理標誌產品幾乎都是農產品，而農業部門直接面對著多年來因前述工商、質檢兩套體系在農產品地理標誌的申請註冊和使用監管方面的缺漏而造成的農業生產經營者的困惑甚至抱怨。
因此，憑著在農業管理的過程中對某地域特定產品的特殊品質、產品地域範圍的劃定、生產過程的監控等都比較熟悉和便利的優勢，農業部門認為由其來執行農產品地理標識的認證和管理工作效率相對高、引起紛爭較少。正因為此，農業部於2007年12月發布了《農產品地理標誌管理辦法》，並隨後開始接受申請並頒發了若幹農業部的農產品地理標誌專用標識。根據此辦法，農產品地理標誌登記申請人為縣級以上地方人民政府根據具體條件擇優確定的農民專業合作經濟組織、行業協會等組織，這壹點與質檢部門接受的申請人條件類似；但不同的是農業部的程序要求的是實質性的經過評審和異議的審查，這壹點又與商標的審查過程相似 15。因此可以說，農業部門目前是想運用自己在農業管理方面的優勢，嘗試著建立壹套關於農產品地理標誌保護的體系，以克服工商、質檢部門兩套體系的不足。
然而，和質檢部門壹樣，農業部門盡管可以根據自己的部門規章對某壹農產品進行檢測評判並準許使用某種專用的標識（即農產品地理標誌），但由於缺乏法律層次上的依據，執法方面存在著很大的障礙。