農副產品加工廠根據加工的農產品的種類，加工的流程，加工的不同程度，選擇辦理。
壹、農副產品加工廠的手續及手續流程如下：
1、註冊方式的選擇：壹種是到國家商標總局（辦公地在北京）辦理商標註冊事宜（中國商標法允許本國公民直接向國家工商行政管理總局商標局申請商標註冊申請）；另壹種方式是委托商標代理組織來向本人提供商標代理服務；
2、商標再先註冊權利的查詢工作：商標查詢是指商標註冊申請人或其代理人在提出註冊申請前，對其申請的商標是否與再先權利商標有無相同或近似的查詢工作；
3、申請商標資料的準備：需出示身份證及遞交本人身份的復印件、提供的商標圖樣必須清晰，便於粘貼，用光潔耐用紙張或用照片代替，長和寬不大於10厘米，小於於5厘米；商標圖樣方向不清的，應用箭頭標明上下方、註冊的商標規費：1000元；
4、商標註冊申請人必須是依法成立的企業.事業單位.社會團體.個體工商業者.個人合夥或者與中國簽訂協議或與中國***同參加國際條約或按對等原則辦理的國家的外國人或者外國企業；
5、商標審查是商標註冊主管機關對商標註冊申請是否合乎商標法的規定所進行的檢查，商標的審定是指商標註冊申請經審查後，對符合《商標法》有關規定的，允許其註冊的決定；
6、直接辦理商標註冊的，商標註冊人應在接到《領取商標註冊證通知書》後三個月內到商標局領證，同時還應攜帶：領取商標註冊證的介紹信；領證人身份證及復印件；營業執照副本原件，復印件應加蓋當地工商部門的章戳；領取商標註冊證通知書；商標註冊人名義變更的需附送工作部門出具的變更證明。
二、在農村辦食品加工廠的手續：
1、首要要辦理的幾個必備手續：壹是工商局的營業執照，這個是成立企業的。有些省份允許成立小作坊的合夥企業，有的省市要求必須成立有限公司。
2、二是生產許可證的獲得：食品的生產，都要獲得生產許可證之後才能生產。申請生產許可證是到本地食藥監局（有的是市場監管局），具體申請流程到食藥監局咨詢即可。如果沒有許可證就貿然生產銷售，被發現了肯定是會被處罰的。
3、加工廠需要有相應的生產設備、倉儲設備、消毒設備和質量管理人員、質量管理制度，這些需要自己提前準備好。
4、食品工廠的員工，根據崗位情況，有些是需要取得健康證的。
法律依據
《中華人民***和國公司法》
第七條依法設立的公司，由公司登記機關發給公司營業執照。公司營業執照簽發日期為公司成立日期。
公司營業執照應當載明公司的名稱、住所、註冊資本、經營範圍、法定代表人姓名等事項。
公司營業執照記載的事項發生變更的，公司應當依法辦理變更登記，由公司登記機關換發營業執照。
《中華人民***和國行政許可法》
第三十九條行政機關作出準予行政許可的決定，需要頒發行政許可證件的，應當向申請人頒發加蓋本行政機關印章的下列行政許可證件：
（壹）許可證、執照或者其他許可證書；
（二）資格證、資質證或者其他合格證書；
（三）行政機關的批準文件或者證明文件；
（四）法律、法規規定的其他行政許可證件。
行政機關實施檢驗、檢測、檢疫的，可以在檢驗、檢測、檢疫合格的設備、設施、產品、物品上加貼標簽或者加蓋檢驗、檢測、檢疫印章。
《中華人民***和國公司法》
第六條設立公司，應當依法向公司登記機關申請設立登記。符合本法規定的設立條件的，由公司登記機關分別登記為有限責任公司或者股份有限公司；不符合本法規定的設立條件的，不得登記為有限責任公司或者股份有限公司。
法律、行政法規規定設立公司必須報經批準的，應當在公司登記前依法辦理批準手續。
公眾可以向公司登記機關申請查詢公司登記事項，公司登記機關應當提供查詢服務。
《中華人民***和國公司法》
第七條依法設立的公司，由公司登記機關發給公司營業執照。公司營業執照簽發日期為公司成立日期。
公司營業執照應當載明公司的名稱、住所、註冊資本、經營範圍、法定代表人姓名等事項。
公司營業執照記載的事項發生變更的，公司應當依法辦理變更登記，由公司登記機關換發營業執照。
《中華人民***和國食品安全法》
第三十五條國家對食品生產經營實行許可制度。從事食品生產、食品銷售、餐飲服務，應當依法取得許可。但是，銷售食用農產品和僅銷售預包裝食品的，不需要取得許可。僅銷售預包裝食品的，應當報所在地縣級以上地方人民政府食品安全監督管理部門備案。
縣級以上地方人民政府食品安全監督管理部門應當依照《中華人民***和國行政許可法》的規定，審核申請人提交的本法第三十三條第壹款第壹項至第四項規定要求的相關資料，必要時對申請人的生產經營場所進行現場核查；對符合規定條件的，準予許可；對不符合規定條件的，不予許可並書面說明理由。