我國現行商標法第六十二條第二款賦予了工商行政管理部門對符合法定情形的商標侵權案件決定中止案件查處的裁量權，所用措辭是“可以中止”而非“應當（或必須）中止”。即出現商標權屬存在爭議或者權利人同時向人民法院提起商標侵權訴訟的情形時，工商行政管理部門並非當然、必須中止查處商標侵權案件，而應根據個案情況判斷涉案商標權屬糾紛、商標侵權民事訴訟可能出現的最終裁決結果，進而對案件的行政執法風險作出判斷，據此裁量是否需要中止商標侵權案件的查處。相關裁量同樣應當有理有據，不能恣意裁量。若被控侵權人或其他相關人申請撤銷或宣告涉案商標無效的理由明顯不合情理、不充分、不成立，工商行政管理部門便無需中止商標侵權案件查處；若申請撤銷或宣告涉案商標無效的理由充分，或者涉案商標的權屬判歸被控侵權人或其利益相關人的可能性更大的，工商行政管理部門宜中止商標侵權案件查處，以免被控侵權人遭受難以彌補或者不必要的損害，盡量防範行政執法風險。若針對涉案商標的無效宣告請求尚未被商評委受理，相關工商行政管理部門便決定中止商標侵權案件查處的，則涉嫌構成恣意裁量甚至濫用職權。
第二，對工商行政管理部門中止商標侵權案件查處的決定有異議的，商標權利人或其他利害關系人如何應對。
首先，應與工商行政管理部門積極溝通，圍繞己方享有註冊商標專用權、被控侵權人構成商標侵權，盡力充分提供證據、闡述理由，努力爭取工商行政管理部門的認可和支持，努力消除工商行政管理部門對其執法風險的擔憂。必要時，商標權利人或其他利害關系人可考慮向工商行政管理部門提供擔保，若己方在涉案商標權屬糾紛裁決中敗訴並導致工商行政管理部門執法錯誤的，承諾承擔工商行政管理部門可能被請求的行政賠償責任。
其次，若經溝通後，工商行政管理部門仍以涉案商標的權屬存在爭議為由中止商標侵權案件查處，而己方有充分理由保住涉案註冊商標專用權的，建議商標權利人或其他利害關系人依法及時提起商標侵權民事訴訟，及時借助民事審判維護自身合法權益，並以此督促工商行政管理部門重啟行政執法程序及時查處侵權行為。
另外，若經溝通，工商行政管理部門仍以涉案商標的權屬存在爭議為由中止商標侵權案件查處，且他人申請無效宣告的理由明顯不合情理、明顯不充分或明顯不成立的，商標權利人或其他利害關系人也可考慮對工商行政管理部門的中止查處決定申請行政復議或者提起行政訴訟。
實踐中，對於涉案商標被啟動撤銷或無效宣告程序的，人民法院對商標侵權民事案件並非當然地中止訴訟。北京市高級人民法院2006年《關於審理商標民事糾紛案件若幹問題的解答》（京高法發［2006］68號）第三十六條中指出：“在商標侵權案件中，被告向國家商標行政主管機關請求撤銷原告主張權利的註冊商標的，壹般不中止訴訟。但被告依據商標法第四十壹條的規定請求撤銷該註冊商標，並有充分的證據或者理由否定該註冊商標的效力的，可以中止訴訟。”