“壹難”——商標保護的管轄權難以確定。審理商標侵權案件時，有管轄權的法院包括被告所在地法院、侵權行為發生地法院和侵權結果發生地法院。如何確定電子商務行為的侵權地點，在現有知識產權法律制度下沒有明確規定。海澱法院認為，高級人民法院在《關於審理計算機網絡著作權糾紛案件適用法律若幹問題的解釋》中，對網絡侵犯著作權糾紛的發生地作出了相應規定。在網絡環境下，侵犯著作權和商標權的發生地本質上是相似的，因此在網絡上確定著作權侵權案件管轄的規則也可以適用於商標權案件。需要註意的是，在電子商務交易中，可能涉及到貨物的交付，這種交付的結果意味著某種行為的完成，應當視為侵權結果發生的地點。因此，該地也屬於電子商務活動中侵犯商標權糾紛的發生地。
“二難”——侵權主體判斷難。根據證據規則，往往需要原告對侵權行為的實施者承擔舉證責任。壹般當事人通過工信部ICP備案信息、工商局商務網站備案信息或被告在相關網站的聯系方式來判斷侵權人，但由於電子商務缺乏實名登記制度，實踐中存在諸多困難。比如海澱法院審結的多起商標侵權案件中，原告因備案信息與被告姓名不符，主動撤訴。好在工商部門出臺的網店實名登記制度規定將對解決這壹問題起到重要作用。
“三難”——網絡服務商責任認定難。在電子商務中，網絡服務提供者不直接參與商品的銷售，因此壹般不存在因商品的銷售而導致的直接侵權，其行為多為間接幫助。什麽樣的幫助構成間接侵權？根據侵權行為法的壹般理論，侵權行為應具備四個要件:違法性、損害事實、因果關系和主觀過錯。其中，明知和應知是判斷是否存在主觀過錯的重要標準。其實“明知標準”還是壹個不確定的標準，需要法院通過各種因素綜合判斷，比如是真是假。