商標海關備案，是知識產權海關保護備案的壹個俗稱。簡單來說，就是企業或經營戶把自己的商標在海關總署進行備案，之後，每次有相同商標的商品需要通關，都會接到當地海關發來的書面通知，以確認該商品是否由商標持有者銷售。如果經確認商標持有者沒有賣過這批商品，那就是說有人在冒用商標制假，海關將當場查扣貨物。
向中國海關申請商標海關備案。盡管法律對此不做要求，但這樣做確實很有用。原則上，中國海關官員在檢查出口商品是否存在商標侵權時具有自由裁量權，檢查依據是中國商標局數據庫，但在實際檢查時，他們依據的只是自己的海關商標數據庫。換句話說,不單獨進行中國商標海關備案，中國海關在檢查出口商品是否存在商標侵權時，信息就不充分，假貨就可能趁機避開檢查，流向國外。
如已註冊商標在中國海關有備案，海關發現壹批可能侵權的商品時會聯系商標註冊人。商標註冊人需要在三個工作日之內向海關提出扣留侵權商品的請求。假如商標註冊人向海關請求扣押侵權商品，並繳納保證金，海關就會對貨物進行核查。核查結論如果是該商品商標侵權，而侵權標誌可以去除，貨物就會被捐給慈善機構，若侵權標誌不可以去除，貨物就會被全部銷毀。檢查過程中存儲及銷毀貨物的費用將從商標註冊人的保證金中扣除。
目前在中國國內申請註冊商標到獲準註冊，順利的話可能需要12-14個月的時間，向中國海關申請商標海關備案大概需要3-5個月的時間，而且商標海關備案申請只能是在商標局發行商標證書之後進行。這意味：在中國，從向商標局提出商標申請之日起，15–19個月後，中國海關才可以幫助阻止冒用商標的假冒產品由中國出口到世界各地。
壹、辦理海關備案所需材料
1、商標權利人的身份證件的復印件（如果權利人為自然人，提供身份證；如果權利人是法人，提供營業執照副本復印件）
2、註冊商標的註冊證書復印件
3、商標局核準轉讓、變更、續展註冊商標的核準證明（如果沒有則無需提供）
4、向商標局備案的《商標使用許可合同》復印件（如果沒有則無需提供）
5、合法貨物的進出口情況列表。例如制造商、進出口商、***同權利人等合法使用人中文或者英文名稱（如果沒有則無需提供）
6、電子版商標標識（商標註冊證書上的商標標識）
7、三張商品及包裝圖片(反映使用本商標的商品及包裝的整體外貌的圖片，也可以是反映商品及包裝的局部主要特征的圖片)：
8、代理委托書（格式文件，由代理機構提供）
二、 備註：
1、提供的復印件材料，應當在復印件上簽註“與原件核對無誤”字樣並加蓋印章或者簽字；
2、圖片應為jpg、bmp格式，每張圖片的文件大小不超過400K
三、辦理時間：兩個月左右