商標代理組織申請“商標數字證書”流程如下： 1、登錄中國商標網，點擊“網上申請”，進入“商標網上申請系統”。點擊“商標網上申請指南”，再點擊“商標數字證書申請指南”，然後再點擊“商標數字證書申請流程”，仔細閱讀該文檔。點擊文檔後的“商標數字證書申請表”，按頁面提示如實填寫，檢查無誤後提交申請表。
2、提交完成後，系統將自動隨機產生激活碼，證書申請人務必牢記並切勿外泄該激活碼。首次登錄本系統提交商標網上申請時，必須使用激活碼激活數字證書。
下載PDF格式的《商標數字證書業務辦理表》、《工商總局數字證書申請責任書》。《商標數字證書業務辦理表》是根據申請人所填寫的信息生成的，申請人應立即下載該《商標數字證書業務辦理表》，同時還應下載《工商總局數字證書申請責任書》。 申請商標數字證書的，應遞交壹式四份申請材料。
（壹）每份申請材料包括以下書件：
1、《商標數字證書業務辦理表》 2、工商總局數字證書申請責任書 3、營業執照（或主體資格證明文件）復印件 4、持證人（保管數字證書載體的人）的身份證復印件。 註意：1、第1至第2的書件均是在步驟壹下載後打印的。2、上述材料都應加蓋數字證書申請人（商標代理組織）公章。
（二）數字證書申請材料的填寫要求：
1、1、商標數字證書業務辦理表（註：此處系申請表）內容必須與數字證書申請人在網上申請系統填寫的數字證書電子申請表的內容完全壹致（註意：下載PDF格式的商標數字證書業務辦理表後，應正反面打印）。 2、所有書件都用A4紙打印或復印。 3、數字證書申請人應如實填寫。否則，承擔相應後果。 4、申請材料都應簽章。 “商標數字證書”制作完成後，將在商標網上申請系統刊登數字證書領取通知，數字證書申請人應當到商標局直接領取“商標數字證書”。直接領取數字證書，應當持介紹信、營業執照復印件、經辦人身份證復印件到商標局計算機處領取；領取時，應當出示經辦人身份證（原件）。前述介紹信、營業執照復印件、經辦人身份證復印件都應當加蓋商標數字證書申請人公章。 收到“商標數字證書”後，務必牢記“證書唯壹信任號”，因為辦理數字證書後續業務需要該號。