1、商標歸屬權不同
（1）公司名義註冊的商標
所有權歸公司，企業法人或企業的股東不享有對註冊商標有專有權，公司壹旦註銷，商標就必須在註銷之前轉讓才可以繼續存續，如果公司破產的話，商標屬於公司財產需要做清算。
（2）個人名義註冊的商標
個人註冊的商標只歸個人所有，雖然申請時提供個體戶執照副本的復印件，但是註冊成功之後商標是屬於個人，歸個人使用及其支配。
2、所有權支配不同
（1）公司名義註冊的商標要由公司決定商標的使用支配權；
（2）個人名義註冊的商標就比較集中啦，由個人享有該商標的專用權、使用支配權。
3、商標註冊申請人名義要求不同
（1）公司名義註冊商標
申請人必須公司執照上的公司名稱，不能隨意更改成其他的。
（2）個人名義註冊商標
個體戶名義申請的商標，申請人可以是個體戶的名義，也可以是個體戶經營者即個人的名義。簡單來說，就商標可以掛在個體戶名義下，也可以掛在個體戶經營者個人的名義下。
4、穩定性不同
（1）公司名義申請的商標不穩定
公司名義申請的商標，申請人是公司，地址是公司執照上的地址，註冊商標的信息必須跟公司執照上的公司名稱、地址壹致，壹旦有變動，就需要對商標進行主體資格信息做變更。
（2）個人名義申請的商標穩定
個人名義申請的商標申請人是個人的名字，申請人的地址是身份證上的地址，個人的身份證壹般都是穩定不變的，所以商標的申請人信息也不需要變更，相對穩定。
法律依據：
《中華人民***和國商標法》第四條
自然人、法人或者其他組織在生產經營活動中，對其商品或者服務需要取得商標專用權的，應當向商標局申請商標註冊。不以使用為目的的惡意商標註冊申請，應當予以駁回。本法有關商品商標的規定，適用於服務商標。