保稅區內的公司、企業、辦事機構、其他經濟組織和個人，必須遵守中華人民***和國法律、法規和本市的有關規定，但本辦法有特別規定的，按照本辦法執行。第二章 管理機構第五條 保稅區由上海市人民政府（以下簡稱市政府）批準設立的管理委員會（以下簡稱管委會）實行統壹管理。管委會的主要職權是：
（壹）制訂和修改保稅區發展規劃，經市政府批準後組織實施。
（二）制定和發布保稅區的各項管理細則。
（三）按照規定的權限，審批保稅區內的投資項目。
（四）按照規定的權限，負責保稅區內有關環保、土地、工商行政及公***設施和公益事業等方面的管理工作。
（五）行使市政府授予的其他職權。第六條 在保稅區封閉線的出入境處和進出非保稅區的通道處設立海關、邊防檢查站。為處理保稅區內的有關事務，在區內設立海關、稅務、公安等管理機構。第七條 設立保稅區開發公司，從事保稅區內市政設施建設和房地產經營；為保稅區內企業提供生活服務；協助投資者興辦企業，並幫助聯系水、電、煤氣及通信設施等的供應工作。第三章 投資及經營管理第八條 除經國家規定的主管部門批準外，保稅區內出口加工企業的產品應當全部外銷。第九條 轉口貿易的貨物在保稅區內儲存不超過壹年。如有特殊情況，經海關批準可適當延長，但延長期不得超過壹年；超期不出運的，由海關按有關規定處理。第十條 允許在保稅區的倉庫內進行貨物分級、包裝、分裝、挑選、貼商標等商業性簡單加工，但須事先經海關批準。第十壹條 保稅區內禁止舉辦對環境造成汙染的項目。第十二條 保稅區內企業對本企業生產的產品及提供的服務可自行定價。第十三條 保稅區內企業及辦事機構必須建立財務、會計帳冊。經營多種業務的企業的會計帳冊，應按業務種類分別建立。
對進出口免稅及保稅的貨物，應建立海關認可的專門帳冊。第十四條 保稅區內企業根據生產經營需要，可自行確定機構和人員編制，可在上海市範圍內公開招聘職工；經保稅區主管機構認可後，也可到市外招聘。企業職工實行勞動合同制。工資分配形式由企業自定。第四章 外貿管理第十五條 允許經國家主管部門批準的保稅區內的貿易企業，從事轉口貿易和為保稅區內的企業代理生產用的原材料、零配件進口及產品出口。第十六條 允許保稅區內的生產性企業從事本企業生產用原材料、零配件、設備的進口和產品的出口；允許其直接對外承接與生產相關的加工業務。第十七條 國家規定統壹經營的出口商品或外國對我國實行被動配額的商品，壹般不應在保稅區內生產出口。凡涉及進口許可證管理的貨物，從國外進入保稅區時，免領進口許可證；如運入非保稅區使用，則應按國家現行規定申請和交驗進口許可證。凡涉及出口配額和出口許可證管理的貨物，從非保稅區運入保稅區時，應按國家現行規定申請配額、許可證，海關憑許可證放行。第五章 金融管理第十八條 經中國人民銀行批準在本市設立的國內銀行和外（合）資金融機構，允許進入保稅區設立營業機構，經營區內外幣、外匯業務。
保稅區的貨幣管理辦法，將依照國家有關管理規定另行制定並頒布。第十九條 允許保稅區內中資企業開設外匯現匯帳戶，其經營所得外匯，稅後余額自企業成立起五年內全部歸企業所有，存入外匯現匯帳戶。第六章 稅收優惠第二十條 保稅區內的外商投資企業除享受（上海市鼓勵外商投資浦東新區的若幹規定）中所列各項稅收待遇外，還享受本章規定的有關稅收優惠待遇。
保稅區內的中資企業，凡投資經營屬國家鼓勵發展的產品、項目，經逐個核定後，可享受規定的稅收優惠。第二十壹條 從境外進入保稅區的貨物，除國家另有規定外，免征關稅和工商統壹稅或產品稅（增值稅）。
免稅進入保稅區的貨物再運往非保稅區時，照章征收關稅和工商統壹稅或產品稅（增值稅）。