1921年正式建廠，初名為五洲固本皂藥廠，後更名為五洲第二制藥廠變更名為五洲藥廠。曾名為上海第五制藥廠。
1989年公司晉升為國家二級企業。現為上海市高新技術企業。
1995年5月，公司被上海市政府列入第壹批現代企業制度試點企業。
1996年9月16日公司改制為國有獨資的上海五洲藥業有限公司。
2001年4月28日，上海五洲藥業股份有限公司創立。公司壹貫重視以上乘的產品質量取信於客戶。
註冊於1912年的五洲牌商標在國內外享有很高的聲譽。
公司自進入市場經濟、實施改革開放以來，積極發展與國內外科研機構的合作關系，同美洲、歐洲、南美洲以及東南亞等大公司建立了各種合作關系。
公司產品利福平兩次獲國家金質獎，強力黴素獲國家銀質獎。安乃近、異菸肼、氨基比林和乙胺丁醇分別獲國家醫藥管理總局和上海市優質產品稱號。
1997年公司以銷售收入14088萬元的成績，被上海市統計局和上海現代統計產業發展中心列入《1997年度上海銷售收入500強工業企業》第476位。並在解放日報公布進入上海市500強工業企業。
1998年經國家統計局中國統計師事務所、中國商品學會聯合成立的中國民族品牌競爭力調查發布組委會承辦的1998年中國民族品牌調查統計：本公司生產的商品在市場占有率、品牌知名度、質量可信度、服務滿意度、價格合理度的五項指標評比中獲得《全國同行業十佳品牌》稱號。
1999年6月，公司頭孢拉啶產品獲得香港國際化工協會、新加坡化學工業同業公會聯合舉辦的1999國際化學工業科技成果博覽會、成果推廣會優秀成果獎。
公司擁有產品自營進出口權。主要產品以出口為主，年出口創匯在1200萬美元以上，公司主力產品強力黴素和安乃近產品在國際市場上盛銷不衰。
頭孢拉啶制劑產品1999年市場份額占據第壹。