購買新能源汽車的車主，在辦理車輛額度確認手續時，並未使用免費專用牌照額度，而是以其名下持有的未到期額度憑證作為確認憑證，辦理後續車輛登記手續。市交通委、市公安局等部門將確定新能源車已使用拍賣規程規定的公車額度進行登記。
已購買新能源汽車並辦理免費專用車牌配額登記的車主，持未過期的配額證明，可在有效期內到上海市交通委員會行政服務中心辦理配額備案手續。辦理相關備案手續後，視為該線路已啟用。辦理上述相關手續後，新能源汽車註銷、轉讓、被盜前，相關額度不得中途提取；當他不再擁有該車輛，且相關配額被清退時，配額證明將被重新發放。