深圳港擁有的港口主要有蛇口碼頭、福永碼頭、鹽田碼頭、赤灣碼頭、媽灣碼頭、內河貨場、東角頭碼頭、下通沙漁碼頭、大鏟灣碼頭。
2019年末，深圳港貨物吞吐量25785.32萬噸，比上年增長2.6%；集裝箱吞吐量2576.92萬標箱，增長0.1%。其中，出口集裝箱吞吐量1300.96萬標箱，下降0.9%。年末全市港口泊位157個，其中萬噸級泊位76個。
擴展數據:
深圳碼頭福永碼頭設有海關、邊檢、檢驗檢疫、口岸監管、簽證處等聯檢單位，采用電腦聯網、電腦驗證，形成高效、便捷、暢通的通關環境。
現在，通往香港機場和澳門的水上客運航線已經開通，每天約有40艘高速豪華客輪穿梭於深港澳之間。2013年，旅客人數約56萬人。
隨著姜妍高速公路的開通和深圳機場T3航站樓的建成，新航站樓的周邊環境得到了極大的改善。預計未來幾年，新航站樓年客運量將增長20%-30%左右。
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