證券民事訴訟程序與壹般民事訴訟程序相同，分為起訴與受理、審前準備、審理、生效和判決執行。
在民事訴訟過程中，法院可以主持雙方當事人之間的調解。如果調解成功，法院將根據雙方達成的調解協議制作調解協議書。調解書經雙方當事人簽字後，與判決書具有同等法律效力。調解書生效後，當事人不得上訴。壹方拒絕執行生效判決和調解協議的，另壹方可以申請人民法院強制執行。