醫院管理軟件主要分為三部分:管理信息系統、臨床醫療信息系統和高級應用系統。比如日常掛號、收費、庫存管理屬於管理信息系統，醫生護士工作站屬於臨床信息系統，其他應用包括PACS等等。醫院的科室很多，需要管理的事情也很多。各個管理軟件的獨立運行不利於問題的高效集中處理。醫護人員在工作過程中不斷切換系統，非常麻煩。最好在醫院內實現互聯互通。
比如英國TPP公司的SystmOne軟件，它以EMR為基礎，擁有h is的所有功能，使得醫院的日常工作和管理更加便捷高效。差的醫療軟件有壹天可能會崩潰，裏面的數據無法使用，對工作影響很大。
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