甘肅省水利廳和甘肅省水投資公司的具體職責和任務有所不同，但在促進甘肅省水資源開發、完善水利設施、推進水利工程建設、實施水利投資等方面，這兩個機構通常密切合作，協調各級政府機構、社會力量、行業協會和企業的資源，實現共同的水利目標。兩者是合作關系。
甘肅省水利廳是甘肅省政府的職能部門，主要承擔甘肅省水利綜合管理職責，辦理國家和省水利事務的授權和委托，參與組織水利規劃和水資源管理。