直屬董事會負責，以“控制風險，創造價值”的風險管理理念，風險管理能力成為國聯證券的核心競爭力之壹。通過修訂和完善內部控制制度和風險控制體系，通過各部門定期核查、各項業務的技術監控和比對、建立風險預警機制等手段對風險進行有效管理。通過壹系列決策、管理和經營政策和程序的合理安排和實施，保證經營管理活動的連續性和有效性。
審計部門
審計部在公司總裁辦公室的直接領導下，獨立於公司所有業務部門。根據國家金融證券法律法規和公司相關規定，結合公司實際情況，建立健全內部審計制度和實施辦法，對公司及分支機構的業務和財務數據進行審計和查閱，監督其業務的合法性和合規性，判斷其資產的安全性和流動性，評價其經濟效益的真實性和有效性。
獨立存管部
獨立存管部是公司為保證客戶資金安全完整而設立的中國大陸和臺灣地區的業務支持和管控部門。全面落實證監會頒布的《客戶交易結算資金管理辦法》、《證券公司客戶資金獨立存管試行標準》等相關規定，建立公司客戶資金獨立存管運行機制，以認真負責的態度進行客戶資金獨立存管，實行封閉管理，加強客戶資金集中管理。