2001 08月13日，中國證監會以文號批準公司分立。2001147《關於國泰君安證券股份有限公司分立的批復》。公司於2006年2月31日完成變更登記，公司註冊資本變更為370萬元。
2005年2月25日，中國證券業協會發布《從事相關創新活動證券公司評審公告(第3號)》，2005年2月6日，公司獲得中國證券業協會從事相關創新活動證券公司評審委員會第三次會議通過，成為從事相關創新活動試點證券公司。
公司於2005年2月30日取得中國證券監督管理委員會《關於同意國泰君安證券股份有限公司增資擴股的批復》(證字[2005]180號)，同意中央匯金投資有限責任公司以現金方式認購公司股份654380億股。增資後，公司註冊資本變更為470萬元。