1.不同類型:年度財務報告和清算結算報告是不同類型的報告。年度財務報告通常是財務報表(資產負債表、利潤表、現金流量表)，匯算清繳報告是指年度企業所得稅申報表。
2.稅法不同:會計法和稅法不同，結算前必須調整財務報表。
擴展信息納稅人在納稅年度內從事生產、經營(包括試生產、試運行)或者在納稅年度中間終止經營活動的，不論是否在減免稅期間，也不論是否損益，都應當按照企業所得稅法及其實施條例的有關規定進行企業所得稅匯算清繳。
根據《中華人民共和國國家稅務總局關於印發〈跨地區經營匯總納稅人所得稅征收管理辦法〉的公告》(57號，2012)，跨地區經營匯總納稅人的分支機構還應按照規定進行年度納稅申報，按照總機構計算分攤應退稅款，就地辦理納稅或退稅。
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