合並後可以節省行政開支，帶來協同效應，使票價有下調空間。
合並後可以減少兩個鐵路系統多付的換乘票價，降低票價。合並後，MTRC將成為壹個“獨立王國”，失去競爭，導致鐵路壟斷。
合並後，部分崗位重疊，資深員工和壹線員工都可能被裁。
隨著香港經濟的不斷好轉，合並後的票價會按照“有增無減”的機制進行調整。但由於綜合消費物價指數、工資以及通貨緊縮和通貨膨脹等因素，票價每年都會自動上調，下調空間大大減小。在合並時，MTRC共同購買的九廣鐵路物業發展權的估值並不清晰，這可能構成政府的“出售資產”。[10]
這次合並是解雇壹批參與九廣鐵路公司人事變動的管理人員的機會。事實上，九廣鐵路公司只有極少數高管被任命為港鐵公司的副職，其他職位幾乎都是從港鐵公司的原團隊中抽調的。[11]