全國股份轉讓公司的主要職能包括建立、維護和完善與股票交易相關的技術系統和設施；制定和修訂全國股份轉讓系統業務規則；接受並審核股票上市及其他相關業務申請，安排符合條件的公司股票上市；組織並監督股票交易及相關活動；對主辦券商等全國股轉系統參與者進行監管；監督上市公司和其他信息披露義務人；管理和發布全國股份轉讓系統相關信息以及中國證監會批準的其他職能。