第壹，生物浮床法。利用吸附藻類的植物和其他生物控制水體中的營養物質，抑制藻類過量繁殖，從而建立生態平衡系統。在人工浮床上，用人工方法讓水上長出美人蕉、水葫蘆、旱傘草等等水生植物，既能吸收水體中的氮磷等汙染因子，又可抑制藻類生長。第二，生物防止法，向水域中投入以藻類為食的魚類，但是重度汙染水域沒法施展。第三，機械撈法。這是最原始和傳統的辦法，即用人力連水帶藻壹起撈出，在無錫水源口就是采取這個辦法。為了提高速度，也有人發明了自動金屬膜過濾器，在動力船緩慢行駛過程中，通過金屬膜不停轉動，把所有藻類都打撈上船，打撈速度是人工的上千倍。在打撈過程中，增加了絮凝、沈降、氣浮、推流、收藻多功能。優點是打撈徹底，缺點是對於大面積藻類瘋長治理仍難奏效。第四、化學法。即用化學藥物殺滅方法，壹般用硫酸銅。早期海洋赤潮治理也常用硫酸銅, 效果較好。但二價銅離子對生物幼體的變態具有致畸性, 並引起餌料藻類的嚴重脫落；同時, 硫酸銅具有毒性,能破壞水體正常的生態系統, 因此對化學滅藻應持謹慎態度。第五、微生物菌除藻。將活性汙泥中的有益菌種進行菌群篩選、分離出來，噴霧幹燥後獲得高密度菌粉，再通過工廠化大規模生產，附著到專利填料上，形成高效處理系統。有人在上海試驗顯示，河道治理前水體呈暗黑色，水體富營養化現象嚴重，沒有水生動植物生長。經過12天治理，夏長浦河治理段水質明顯改善，水體清澈無異味。
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