轉基因大豆無法通過觀看及經驗來識別，需要專門的檢測設備，具備相應技術的專業人員及機構進行檢測。從科學的角度來說，檢測轉基因大豆目前最有效的方法就是通過檢驗蛋白質或者核酸才能辨別。
所有用肉眼判斷的方法都是不科學，都不靠譜。有人聲稱可以通過顏色、是否能發芽、外表光鮮度來判定，更是無稽之談。如果人眼有那樣的功能，農業部及社會上那麽多科研機構、檢測中心花大價錢買的檢測設備豈不是白瞎了？如果妳真的對自己購買的大豆不放心，又想用比較簡單可行的方法來檢測的，也是可以的，最直接有效的辦法就是使用——轉基因檢測試紙。
如果是東北地區經常收糧賣糧的朋友都知道，轉基因檢測試紙是近年來在東北地區被廣泛應用的壹種快速檢測轉基因的工具，其原理是Lateral flow test，很多實驗室用品公司都有生產，有國產品牌，進口品牌，也有合資品牌，當然價格也不壹。
不可否認，這類試紙條具有速度快、易操作的優勢，在育種行業和糧食貿易的自檢中很有用，但是不適合壹般消費者，因為檢測過程仍然需要用到其他的壹些實驗室器材，普通人也不具備相關的專業知識，購買渠道也相應特殊，購買難度較大。
此外，由於生產工藝等技術差異，加上壹些劣質造假等因素，轉基因檢測試紙仍然是壹個概率事件，並非檢測結果就為最終結果。目前來說，最有效權威的做法還是找壹家有相應資質科研實驗室進行專業檢測。