研究所重點研究方向包括：國家輸血安全評價體系建立的基礎研究，輸血相關疾病的流行病學研究、輸血傳播病原微生物的檢測及其評價，血液制品病毒滅活，HLA與造血幹細胞移植相關研究，細胞治療特別是臍血幹細胞的基礎與應用研究，紅細胞血型研究特別是稀有血型的篩查和稀有血型庫的建設，衛生部HLA參比實驗室建設，細胞工程產品，基因工程藥物，人血漿蛋白制品，紅細胞血型血清診斷產品，血栓與止血體外診斷試劑，輸血相關疾病快速診斷試劑、輸血輸液器材等。獲國家、省部級科研成果65項，國家專利20余項。