1、中藥祖傳秘方申請專利的流程為：
（1）秘方所有權人依法向專利行政部門提交請求書、說明書及其摘要和權利要求書等文件；
（2）國務院專利行政部門收到發明專利申請後，進行壹年半的初步審查和三年的實質審查；
（3）通過審查的，發給發明專利證書。
2、法律依據：《中華人民***和國專利法》第三十七條
國務院專利行政部門對發明專利申請進行實質審查後，認為不符合本法規定的，應當通知申請人，要求其在指定的期限內陳述意見，或者對其申請進行修改；無正當理由逾期不答復的，該申請即被視為撤回。
第三十九條
發明專利申請經實質審查沒有發現駁回理由的，由國務院專利行政部門作出授予發明專利權的決定，發給發明專利證書，同時予以登記和公告。發明專利權自公告之日起生效。
二、申請專利的要求標準是什麽
申請專利的要求標準如下
1、申請人具有申請資格；
2、專利指向對象應當為發明、實用新型和外觀設計中的壹種；
3、授予專利權的發明和實用新型，應當具備新穎性、創造性和實用性。