朱有勇長期從事生物多樣性控制植物病害的基礎、應用基礎和示範推廣研究，初步揭示了生物多樣性控制病害的基本規律和基本原理。在國際上創建了“水稻遺傳多樣性控制稻瘟病理論和技術”和“生物多樣性控制植物病害理論”，經過國內外數千萬畝的示範推廣，獲得了顯著的經濟、社會和生態效益。標誌該成果的學術論文“Genetic Diversity and Disease Control in Rice”2000年在英國的《自然》雜誌全文發表，得到了國內和國際科學界的高度評價和普遍認可。在國內外發表學術論文100余篇，專著5部；獲國家專利5項、國內外科技獎12項。2000年至今，他任雲南農業大學首席教授，英國Wolverhampton大學、荷蘭Wageningen大學博士研究生導師，培養碩士研究生41人、博士研究生8人、留學生5人、本專科學生400余人。
至今，朱有勇教授首席主持973項目1項，主持完成863、國家攻關、國家自然科學基金、聯合國糧農組織、亞洲發展銀行及省部級項目20余項，研發技術累計推廣面積1億余畝，為利用生物多樣性促進糧食安全提供了成功範例。在NATURE等國內外學術刊物發表論文130余篇，出版專著5部。