專利保護與商業秘密保護的選擇依據為專利保護可以得到更多的經濟利益，商業秘密保護則不能。專利保護力度較大，但是要公開壹些信息，在此後維權過程中針對性明確，便於操作和認定；商業秘密保護權利人要采取必要的措施保護能為自己帶來經濟利益的不為他人所知曉的技術或經營信息，在保護階段權利人舉證義務較重。
法律客觀：《專利法》第四十二條 發明專利權的期限為二十年，實用新型專利權的期限為十年，外觀設計專利權的期限為十五年，均自申請日起計算。 自發明專利申請日起滿四年，且自實質審查請求之日起滿三年後授予發明專利權的，國務院專利行政部門應專利權人的請求，就發明專利在授權過程中的不合理延遲給予專利權期限補償，但由申請人引起的不合理延遲除外。 為補償新藥上市審評審批占用的時間，對在中國獲得上市許可的新藥相關發明專利，國務院專利行政部門應專利權人的請求給予專利權期限補償。補償期限不超過五年，新藥批準上市後總有效專利權期限不超過十四年。