專利權的保護方式包括協商、調解和訴訟三種，只有協商是由權利人和侵權行為人兩方參與其余兩種保護途徑都是有第三方參與的，如果是專利權人主動提起訴訟的，應當由起訴方先在起訴時主動繳納壹定的訴訟費用，如果是不繳納的，人民法院有權不受理。
法律客觀：專利保護和著作權保護不同之處如下：保護的內容不同著作權法保護形式，專利法保護創意思想。著作權法保護的是軟件的源代碼，軟件的核心內容——技術方案的創新可以申請專利，適用《專利法》來保護，這樣兩者結合使軟件得到更加完善的保護。保護的條件不同著作權是自動取得，取得的時間以開發完成的時間為依據，壹完成即自動取得著作權，受到著作權法的保護，對軟件的內容不進行任何的審查，無論軟件源代碼的寫得如何，即自動取得著作權/版權，受著作權法的保護。專利則必須符合專利申請的條件，需要向專利局申請，是否授予專利權需要專利局進行審查後審批。保護的時間不同發明專利的保護時間為二十年，從申請日開始計算，但是受保護是在申請審批取得專利權之後，專利的審查的手續比較煩瑣，從申請到取得專利權證書壹般要3年左右的時間。軟件著作權的保護時間為50年，從開發完成之日起就受版權保護。軟件在獲得專利權之前已經受到著作權法的保護，申請專利並不影響其受到著作權法的保護，有足夠的耐心去等待專利的審批。