專利使用費增值稅稅率為6％，應扣繳稅額等於接受方支付的價款除以（1＋稅率）乘以稅率。
根據“營改增”試點的相關政策，營業稅改征增值稅的應稅服務中包括商標著作權（特許權使用費）轉讓服務、知識產權服務等服務。其中，商標著作權轉讓服務包括商標的使用權轉讓服務。因此，特許權使用費屬於提供現代服務業適用的增值稅稅率是6％。